图“扩展”预测在KM ggsurvplot之上的存活

Question

我希望将这两个地块集中在一个地块上。这将使我能够在视觉上评估分布的拟合优度的同时，检查长期存活率如何演变。

你能帮帮我吗?

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library(survminer)
require(flexsurv)
data(bc)

su_obj <- Surv(bc$rectime, bc$censrec)

fit_0 <- do.call(flexsurvreg, list(formula =su_obj~group, data = bc, dist = "exponential"))

ggsurvplot(fit_0)

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time_0 = 5000

survival_ext = summary(fit_0, type = "survival",t=1:time_0)

survival_ext = as.data.frame(survival_ext)

survival_ext = survival_ext[,grep(".est", names(survival_ext))]

survival_ext = cbind(1:time_0, survival_ext)

names(survival_ext)[1]="time"

survival_ext = reshape2::melt(survival_ext,id="time") 

ggplot(survival_ext,aes(x=time, y=value, color=variable)) +
  geom_line() +
  labs(x="Time",
       y="Survival probability",
       color="")

Answer 1

我可以想象有很多不同的想法，但这里有一个简单的方法，如果它有帮助的话。

fit_0_obj <- ggsurvplot(fit_0)

ggplot(survival_ext,aes(x=time, y=value, color=variable)) +
  geom_line() +
  labs(x="Time",
       y="Survival probability",
       color="") +
  geom_step(data = fit_0_obj$data.survplot, aes(x=time, y=surv, color=group))

编辑(9/20/21)：对于survminer包中的bug，bc数据中的“”需要是字符，而不是一个因子。在修复之前，可以执行以下操作来重现绘图：

bc$group <- as.character(bc$group)

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