数据子集上的多重dunn检验

Question

我想在我的数据上总共运行4个Dunn测试，在它的四个子集上，虚拟数据，其中grp是我用于dunn测试的分组：

          d      var1  var2 grp
-1.26431512      a      c   A
 1.28852253      b      d   A
-0.06951728      a      c   A
 0.21254560      b      c   Z
-0.20723889      b      d   Z
 0.02315806      b      d   Z

目前，我正在过滤每个变量，然后运行dunn.test：

a_c<-filter(df, var1 %in% "a", var2 %in% "c")
a_c_results<-dunn.test(df$d, g=df$grp, method="bh")

以此类推，对于这四个组合，a_c, a_d, b_c, b_d

我试过这段代码，因为它在我之前运行的Kruskal-Wallis测试上工作得很好，但是由于Dunn测试的输出是一个列表，所以我假设这就是为什么这种方法不起作用：

dunn_results<-df %>%
        group_by(var1, var2) %>%
        summarise(p.value=dunn.test(d, grp)$p.value)

我从上面的代码中得到了以下错误：

Error: column 'p.value' is of unsupportetd type NULL

Answer 1

Dunn测试结构

你已经很接近了。问题不在于dunn.test返回一个列表--您处理得很正确。问题是该列表没有名为p.value.的成员

library(tidyverse)
library(dunn.test)

rslt <- dunn.test(df$d, df$grp)
str(rslt)
#> List of 5
#>  $ chi2       : num 0.0476
#>  $ Z          : num -0.218
#>  $ P          : num 0.414
#>  $ P.adjusted : num 0.414
#>  $ comparisons: chr "A - Z"
rslt$p.value
#> NULL

不过，这应该是可行的：

dunn_results <- df %>%
  group_by(var1, var2) %>%
  summarise(p.value = dunn.test(d, grp)$P)

更新:额外的错误处理

这还没有结束，因为dunn.test()可能会返回错误。在样本集中，有两个错误：

1. “在x中观察太少。”对于第4行中的b-c组合。对于第1、3行中的a-c组合，
2. “参数的长度为零”。

因此，我们需要将运行Dunn测试并提取P值向量的函数放入一个错误捕获函数中。对于Dunn测试作为摘要的p.value经历的任何错误，这将静默地返回NA。

dunn_test_wrapper <- function(x, y) {
  tryCatch(dunn.test(x, y)$P, error = function(cond) NA)
}

dunn_results<-df %>%
  group_by(var1, var2) %>%
  summarise(p.value = dunn_test_wrapper(d, grp))