使用条目数不相等的dcast整形数据帧

Question

我试图重新整理一些数据，但遇到了一些问题，非常感谢您的任何建议或建议。

背景:我在一个叫做A的样本上测量了三个基因(FTH1，TFR1，VEGF)的值三次。第三次运行时对基因的一些测量没有被记录下来(这就是为什么有些基因有两个值，而另一些基因有三个值)。长格式数据如下：

          Sample   Gene    Value
1         A        FTH1    19.287
2         A        FTH1    18.411
3         A        TFR1    21.536
4         A        TFR1    22.528
5         A        TFR1    20.255
6         A        VEGF    14.414
7         A        VEGF    14.009

我想将这些数据重塑为以下格式，以便更容易地进行下游分析：

Sample  FTH1    TFR1    VEGF
A       19.287  21.2536 14.414
A       18.411  22.528  14.009
A       N/A     20.255  N/A

将数据重新格式化为上述表单的最佳方法是什么？

我尝试使用dcast，如下所示

library(reshape2)
library(tidyverse)

data = read.csv("data.csv")

dcast(data, Sample ~ Gene, value = "Value")

但是遇到了以下错误：

Aggregation function missing: defaulting to length
Error in .fun(.value[0], ...) : 
  2 arguments passed to 'length' which requires 1

我认为这是因为一些基因(即FTH1和血管内皮生长因子)有两个条目，而TFR1有三个条目--我不是100%确定。任何关于如何完成这种重塑的建议都将不胜感激！

Answer 1

根据?reshape2::dcast的说法，使用情况是

drop dcast(数据，公式，fun.aggregate = NULL，...，

= NULL，subset = NULL，fill = NULL，drop= TRUE，value.var =guess_value(数据))

因此，参数是value.var

dcast(data, Sample ~ Gene, value.var = "Value")

此外，由于存在重复的元素，因此需要序列列

library(data.table)
dcast(setDT(data), rowid(Gene) + Sample ~ Gene, value.var = "Value")[,
        Gene := NULL][]
#   Sample   FTH1   TFR1   VEGF
#1:      A 19.287 21.536 14.414
#2:      A 18.411 22.528 14.009
#3:      A     NA 20.255     NA

数据

data <- structure(list(Sample = c("A", "A", "A", "A", "A", "A", "A"), 
    Gene = c("FTH1", "FTH1", "TFR1", "TFR1", "TFR1", "VEGF", 
    "VEGF"), Value = c(19.287, 18.411, 21.536, 22.528, 20.255, 
    14.414, 14.009)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-7L))