带有多个"or“条件的If语句？

Question

我正在尝试写一个程序，它循环通过一串RNA碱基，找到起始密码子('AUG')，将下面的密码子分组为三个(即‘UAA’，'ACC')，从字典中查找相应的氨基酸，创建一个包含结果氨基酸的字符串，然后继续，直到它到达一个终止密码子('UAA'，'UGA'，'UAG')。RNA以三个为一组，从起始密码子开始，以终止密码子结束。

问题是，当我想让程序检查它是否命中了三个停止密码子中的一个时，如果我在同一个if语句中列出了所有三个停止密码子中的一个，它就不能工作。当检查字典时，它会将终止密码子视为未知的(.get(codon, 'X'))，并在蛋白质中将其列为'X‘：

a_seq = 'AAAAUGGAAUGAACC'
kmer_size = 3
for start in range (0,len(a_seq)- kmer_size+1,1):
    kmer = a_seq[start:start+kmer_size]
    if kmer == 'AUG':
        start_codon = a_seq.index(kmer)
        new_seq = a_seq[start_codon:]
        last_codon_start = len(new_seq) - 2
        dictionary = {'AUG':'M',
                     'GAA':'E',
                     'ACC':'T'}
        protein = ''
        for start in range(0, last_codon_start, 3):
            codon = new_seq[start:start+3]
            print(codon)
            if codon != 'UAA' or codon != 'UGA' or codon != 'UAG':
                amino_acid = dictionary.get(codon,'X')
                protein += amino_acid
            else:
                break
        print(protein)
        break

输出：

AUG
GAA
UAA
ACC
MEXT

如果我只列出了一个终止密码子，那么它是有效的：

if codon != 'UAA':

AUG
GAA
UAA
ME

这两种蛋白质都应该是'ME‘。我希望它在命中三个停止密码子中的任何一个时立即停止。我的if语句有什么问题？

Answer 1

这会更正一行。

if codon != 'UAA' and codon != 'UGA' and codon != 'UAG':

如果你说不等于x或不等于y，它总是正确的。简化一点

if x != 1 or x !=2:

无论x是什么，这句话都是正确的。不是每个数字都等于1和2，包括1和2。

但编写这行代码的最清晰方法是。

if codon not in ('UAA', 'UGA', 'UAG'):

最后一个想法是，您可以将停止代码添加到您的字典中，并使它们产生一些值，在此基础上触发中断。这将解决@Sam Mason关于散列查找效率的观点，以及节省主循环中的一些其他步骤。

        dictionary = {'AUG': 'M',
                      'GAA': 'E',
                      'ACC': 'T',
                      'UUA': '*',
                      'UGA': '*',
                      'UAG': '*',
        }
        protein = ''
        for start in range(0, last_codon_start, 3):
            codon = new_seq[start:start+3]
            print(codon)
            amino_acid = dictionary.get(codon,'X')
            if amino_acid == '*':
                break
            protein += amino_acid

最后的想法。使用textwrap模块(标准Python)可以稍微简化for循环。

from textwrap import wrap
...
...
         for codon in wrap(new_seq, 3):
             print(codon)
             etc.

Answer 2

我认为反转内部if检查停止码的逻辑会更具可读性：

if codon == 'UAA' or codon == 'UGA' or codon == 'UAG':

然而，通过将所有可能性存储在set中来进行等效操作会更有效率，这将使成员检查变得更简单、更快。

这就是我的意思(请注意，我还从循环中删除了常量的创建)：

START_CODONS = {'AUG': 'M',
                'GAA': 'E',
                'ACC': 'T'}
STOP_CODONS = {'UAA', 'UGA', 'UAG'}

a_seq = 'AAAAUGGAAUGAACC'
kmer_size = 3

for start in range (0, len(a_seq)-kmer_size+1, 1):
    kmer = a_seq[start: start+kmer_size]
    if kmer == 'AUG':
        start_codon = a_seq.index(kmer)
        new_seq = a_seq[start_codon:]
        last_codon_start = len(new_seq) - 2
        protein = ''
        for start in range(0, last_codon_start, 3):
            codon = new_seq[start: start+3]
            print(codon)
#            if codon == 'UAA' or codon == 'UGA' or codon == 'UAG':
            if codon in STOP_CODONS:
                break
            else:
                amino_acid = START_CODONS.get(codon, 'X')
                protein += amino_acid
        print('protein:', protein)
        break

输出：

AUG
GAA
UGA
protein: ME