强制外壳程序从SunGrid引擎中的conda变量使用python

Question

我正试图在SunGrid引擎中执行一个python文件，并从我的anaconda3环境变量中执行它。

我的代码很简单：

from __future__ import print_function
import urllib3
import numpy as np

if __name__ == '__main__':
    print('Hellooo')

我这样叫它：

qsub -V -b n -cwd -pe mp 3 playground.py

但是我得到了这个错误：

from: can't read /var/mail/__future__
import: unable to open X server `' @ error/import.c/ImportImageCommand/358.
/var/spool/gridengine/execd/cluster-rp-02/job_scripts/22924: 3: /var/spool/gridengine/execd/cluster-rp-02/job_scripts/22924: Syntax error: word unexpected (expecting ")")

我在网上查找了这个错误，我找到了一个解决方案：Getting Python error “from: can't read /var/mail/Bio”

它建议在python代码的开头添加：#!/usr/bin/env python。

我使用的是anaconda3，其中使用的python的目的地不同。因此，它应该是：#!../anaconda3/envs/py3/bin/python

但是当我添加这个脚本时，我得到了这个错误：

/home/master/bin/sge_mp_startup.sh: 10: exec: /var/spool/gridengine/execd/cluster-rp-01/job_scripts/22926: not found

我错过了什么吗？

Answer 1

从链接的问题中：

如果脚本存储在名为script.py的文件中，则必须以python script.py身份执行该脚本

因此，您可以将../anaconda3/envs/py3/bin/python添加到命令行：

qsub -V -b n -cwd -pe mp 3 ../anaconda3/envs/py3/bin/python playground.py

或者，如果../anaconda3/envs/py3/bin/python是路径中的第一个python可执行文件，您可以简化：

qsub -V -b n -cwd -pe mp 3 python playground.py