如何在R中激活蟒蛇环境

Question

我的目录/home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1中有qiime2程序https://qiime2.org。在Linux终端，我运行source activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1来启动这个程序。

我试着在R中以system('source activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1')的身份这样做，但是它给出了这个错误：sh: 1: activate: not found Warning message: In system('activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1') : error in running command

有没有办法在R或Rstudio中激活anaconda env？

Answer 1

是的，我推荐使用多种方式查看网状软件包，但基本上，R Studio预览版1.2能够“找到”您的conda环境。

我更喜欢的方式是：

library(reticulate)
library(tidyverse)

# Seeing your enviroments
conda_list()

#Using it
conda_list()[[1]][1] %>% 
  use_condaenv(required = TRUE)

#Checking python

import platform
print(platform.python_version())

链接

网格化：https://rstudio.github.io/reticulate/

我的博客：https://twosidesdata.netlify.com/2019/03/23/exploratory-data-analysis-basic-pandas-and-dplyr/#how-to-set-up-reticulate

Answer 2

一般来说，我不使用Rstudio，但根据一些搜索，我建议您尝试设置python路径，而不是通过Conda activate激活环境。

您可以选择要使用的python解释器，并在此处进行选择。

    library(reticulate)    

    path_to_python <- "/anaconda3/envs/qiime2-2019.1/python"    

    use_python(path_to_python, required = TRUE)

以下是相同类型问题的一些答案：

1> https://stackoverflow.com/a/54813273/9071644

2> https://stackoverflow.com/a/45891929/9071644

3> https://stackoverflow.com/a/43411909/9071644

Answer 3

我认为在R控制台进入conda环境是不可能成功的，但是你仍然可以通过指示路径来使用环境命令。

例如，我的qiime路径是/home/username/miniconda3/envs/qiime2-2019.7/bin/qiime。如果你想运行像qiime info这样的代码，你可以使用以下命令：

system("/home/username/miniconda3/envs/qiime2-2019.7/bin/qiime info")