Alembic sqlalchemy.exc.NoReferencedColumnError：(使用Flask- and Alembic和Flask-Migrate)

Question

当我尝试迁移我的模式时，Alembic一直给我这个错误，尽管最初的迁移进行得很顺利。

sqlalchemy.exc.NoReferencedColumnError: Could not initialize target column for ForeignKey 'dataset.datasetid' on table 'analysis': table 'dataset' has no column named 'datasetid'

下面是我的models.py类的一部分

class Dataset(db.Model):
    DatasetID = db.Column(db.Integer, primary_key = True)
    SampleID = db.Column(db.String(50), db.ForeignKey('sample.SampleID', onupdate="cascade",ondelete="restrict"), nullable=False)
    UploadDate = db.Column(db.Date, nullable=False)
    UploadID = db.Column(db.Integer,db.ForeignKey('uploaders.UploadID', onupdate="cascade",ondelete="restrict"), nullable=False)
    UploadStatus = db.Column(db.String(45), nullable=False)
    HPFPath = db.Column(db.String(500))
    DatasetType = db.Column(db.String(45), nullable=False)
    SolvedStatus = db.Column(db.String(30), nullable=False)
    InputFile = db.Column(db.Text)
    RunID = db.Column(db.String(45))
    Notes = db.Column(db.Text)
    analyses = db.relationship('Analysis',backref='dataset',lazy='dynamic')
    data2Cohorts = db.relationship('Dataset2Cohort',backref='dataset',lazy='dynamic')

class Dataset2Cohort(db.Model):
    __tablename__='dataset2Cohort'
    DatasetID = db.Column(db.Integer, db.ForeignKey('dataset.DatasetID', onupdate="cascade",ondelete="cascade"), nullable=False, primary_key = True)
    CohortID = db.Column(db.Integer, db.ForeignKey('cohort.CohortID', onupdate="cascade", ondelete="restrict"),  nullable=False, primary_key = True)

class Analysis(db.Model):
    AnalysisID = db.Column(db.String(100), primary_key = True)
    DatasetID = db.Column(db.Integer, db.ForeignKey('dataset.DatasetID', onupdate="cascade",ondelete="cascade"), nullable=False)
    PipelineVersion = db.Column(db.String(30))
    ResultsDirectory = db.Column(db.Text)
    ResultsBAM = db.Column(db.Text)
    AssignedTo = db.Column(db.String(100), nullable=True)
    analysisStatuses = db.relationship('AnalysisStatus', backref='analysis', lazy='dynamic')

有人知道为什么即使我在数据集表中有DatasetID列，我仍然得到这个错误吗？

谢谢你，泰佳。

Answer 1

找到了解决方案。

这似乎是MySQL8.x版本在外键声明中引用列名的问题-MySQL8.x版本在外键语句中引用列时总是使用小写，这会导致与sqlalchemy不兼容。这里讨论了这个问题。

https://github.com/sqlalchemy/sqlalchemy/issues/4344

解决方案是将sqlalchemy升级到最新版本(>=1.2.x)。

太好了。