我如何让amsmath在RMarkdown中工作时，针织到PDF？

Question

在RMarkdown中，我有一个要编织成pdf的文档。文档中有我需要自动编号的公式。我一直使用$$ 1+1=2 \tag{1} $$约定来编写公式，但现在我想切换到\begin{equation} 1+1=2 \eq:this_eq \end{equation}约定，这样我就可以自动编号和轻松地交叉引用公式。我找到的为数不多的在线资源使它看起来应该是相当简单的。例如here或here。然而，在尝试这样做的过程中，我遇到了无数次的心碎。

我使用的是3.4.3版本的RStudio，也就是tinytex发行版，并且已经安装了bookdown (我仍然不确定是否真的有必要在这里实现我的目标)。下面是一个repex：

---
title: This title
author: "This guy"
date: "This date"
header-includes:
   - \usepackage{amsmath}
output:
  pdf_document:
    toc: yes
    toc_depth: '4'
    df_print: kable
    fig_caption: yes
    latex_engine: xelatex
mainfont: Calibri Light
---

```{r setup, include=FALSE}

knitr::opts_chunk$set(echo =假)

## Introduction

blah blah...

\begin{equation}
S = X \bar{P}
(\#eq:signals)
\end{equation}

## Later on

blah blah \@ref(eq:signals)

当我尝试“编织到PDF”时，我遇到了错误

! Package mathspec Error: `amsmath' must be loaded earlier than `mathspec'.

它被报告为错误并“修复”了here，但我无法理解修复，也无法遵循其说明。我所要求的是一组非常清晰的步骤，这些步骤将使我能够顺利地运行上面的repex。

一些我尝试过的东西：

当我用bookdown::pdf_document2替换pdf_document时，同样的错误也发生了。或者当我移除

header-includes:
   - \usepackage{amsmath}

而不是把

includes:
  in_header: preamble.tex

在行latex_engine: xelatex之后，其中"preamble.tex“是包含行\usepackage{amsmath}的记事本文件

this other SO post中的评论似乎表明，甚至没有必要在YAML选项中提及amsmath，这让我更加困惑。当我从YAML选项中删除对amsmath的任何提及时，我得到的错误提示是mathjax脚本无法识别，例如：

! Package amsmath Error: \bar allowed only in math mode.

Answer 1

当我尝试你的例子时，这个等式没有被成功标记。

然后我将输出设置替换为bookdown::pdf_book。它起作用了。

---
title: This title
author: "This guy"
date: "This date"
output:
  bookdown::pdf_book
mainfont: Calibri Light
---

```{r setup, include=FALSE}

knitr::opts_chunk$set(echo =假)

## Introduction

blah blah...

\begin{equation}
  S = X \bar{P}
  (\#eq:signals)
\end{equation}

## Later on

blah blah \@ref(eq:signals)