用R中的DRC软件包拟合曲线

Question

我正在尝试用R中的DRC包来拟合曲线。

示例：

 x_yrs<-c(2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 
     2015, 2016, 2017)
 y<-c(1.89, 0.34, 0.47, 2.46, 2.13, 7.49, 47.24, 117.84, 202.8, 322.7, 
 540.72, 744.22, 1148.7)

 MaxPop<-110000
 Y_Adj<-y/MaxPop

 EV<-drm(y~ x_yrs,fct = LL.3(fixed = c(NA, NA, NA)))
 plot(EV, broken = TRUE, type = "all")

 EV<-drm(y~ x_yrs,fct = LL.5(fixed = c(NA, NA, NA, NA, NA)))
 plot(EV, broken = TRUE, type = "all")

 x_yrs_Adj<- x_yrs-2004
 EV<-drm(Y_Adj~ x_yrs_Adj,fct = LL.5(fixed = c(NA, NA, NA, NA, NA)))
 plot(EV, broken = TRUE, type = "all",xlim = c(0, 40), ylim = c(0, 1))

我想把曲线的最大值设为"1“或"MaxPop”，即作为上渐近线。

我该如何着手更改drm模型来实现这一点？

Answer 1

“我想把未来的人口规模设定为11万。”我认为，根据您提供的数据，不可能将模型与该约束相匹配。您对函数支持的响应甚至还没有接近这一点(潜在的？)渐近区域。所以我认为你需要重新考虑你的方法。

除此之外，在drc中，您可以通过fixed函数参数指定特定参数的值来实现约束。

EV <- drm(Y_Adj ~ x_yrs_Adj, fct = LL.5(fixed = c(NA, 0, 1, NA, NA)))

如果这样做，您可以找到有关各个参数的信息，例如?LL.5

LL.5(fixed = c(NA，NA)，names = c("b"，"c"，"d"，"e"，"f")，...)

..。

五参数逻辑函数由以下表达式给出

f(x) =c+\frac{d-c}{(1+\exp(b(\log(X)-\log(E)^f}

因此，在本例中，我们将c设置为零，然后修复d = 1。

让我们来展示一下这个情节

plot(EV, broken = TRUE, type = "all", xlim = c(0, 40000), ylim = c(0, 1))

你可以在这里看到这个问题。由于你没有更接近函数渐近行为的值x_yrs_Adj的任何支持，你的拟合(以及由此得到的估计参数)将会很差。

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