为什么Rjags抛出“未知变量mu.fine"？Rjags错误

Question

我目前正在尝试用JAGS开发一个模型，但不幸的是我一直收到以下错误：

Error in jags.model("ref_model.txt", data = ref.data.jags, inits = inits3, : RUNTIME ERROR: Compilation error on line 26. Unknown variable mu.fine Either supply values for this variable with the data or define it on the left hand side of a relation.

当我运行以下代码时，就会发生这种情况：

# Function that generates the initial values for MCMC:
inits <- function()
{
 list(beta0=rnorm(1),
      beta1=rnorm(1),
      beta2=rnorm(1),
      beta3=rnorm(1),
      beta4=rnorm(1),
      beta5=rnorm(1),
      beta6=rnorm(1))
}
inits3 <- list(inits(), inits(), inits())

# Parameters that will be monitored:
params <- c("beta0", # intercept
          "beta1", "beta2", "beta3", # slopes
          "beta4", "beta5", "beta6",
          "pred.fine") # fine-grain predictions

# Model compilation:
jm <- jags.model("ref_model.txt",
               data = ref.data.jags,
               inits = inits3,
               n.chains = 3,
               n.adapt = 1000)

下面是标题为"ref_model.txt“的文件中的内容，我在R中使用Rjags在R中运行它

# Model definition for JAGS:
cat("
model
{
  # priors
  beta0 ~ dnorm(0, 0.01)
  beta1 ~ dnorm(0, 0.1)
  beta2 ~ dnorm(0, 0.1)
  beta3 ~ dnorm(0, 0.1)
  beta4 ~ dnorm(0, 0.1)
  beta5 ~ dnorm(0, 0.1)
  beta6 ~ dnorm(0, 0.1)

  # fitting the model to the fine-grain reference dataset
  # (600 well surveyed cells)
    for (j in 1:N.ref)
    {
      # Eq. 1 (see Methods):
      log(lambda.fine[j]) <- beta0 +
                             beta1 * NPP.ref[j] +
                             beta2 * LC.ref[j] +
                             beta3 * PW.ref[j] +
                             beta4 * HFP.ref[j] +
                             beta5 * PS.ref[j] +
                             beta6 * T.ref[j]
      # Eq. 2 (see Methods):
      S.ref[j] ~ dpois(mu.fine[j])
    }

  # predicting in the complete fine-grain dataset
  # (all 6238 fine-grain grid cells)
    for (i in 1:N.fine)
    {
      log(pred.fine[i]) <- beta0 +
                           beta1 * NPP[i] +
                           beta2 * LC[i] +
                           beta3 * PW[i] +
                           beta4 * HFP[i] +
                           beta5 * PS[i] +
                           beta6 * T[i]
    }
}
 ", file="ref_model.txt")

我有点困惑为什么会发生这个错误，如果有人能建议我如何解决这个问题，我将不胜感激。

Answer 1

之所以会出现此错误，是因为mu.fine只出现在方程式的右手边，而不是左边。另一方面，看起来S.ref依赖于mu.fine，但是您还没有告诉JAGS mu.fine是什么(它没有值)。假设lambda.fine是线性预测器，S.ref是你的因变量，你可以改变

S.ref[j] ~ dpois(mu.fine[j])

至

S.ref[j] ~ dpois(lambda.fine[j])

然后这个错误就不会发生了。