如何在packrat环境中使用rpy2？

Question

我尝试使用一个R包，这个R包是使用R包'packrat‘安装的，它允许创建一个类似于python中的virtuanlenv的虚拟环境。但我没有成功。

在使用R的控制台中，我可以成功运行以下代码：

cd /path/to/packrat/environment
R # this launch a R console in the packrat environment
library(mycustompackage)
result = mycustompackage::myfunc()
q()

我也想使用rpy2来做同样的事情，但是我无法激活packrat环境。下面是我测试失败的内容。

from rpy2.robjects import r
from rpy2.robjects.packages import importr

packrat_dir = r.setwd('/path/to/packrat/environment')
importr('mycustompackage')
result = r.mycustompackage.myfunc()

但它在'importr‘失败，因为它找不到包'mycustompackage’。要么不成功：

importr('mycustompackage', lib_loc='/path/to/packrat/environment')

两者都不是：

os.environ['R_HOME'] = '/path/to/packrat/environment'
importr('mycustompackage', lib_loc ='/path/to/packrat/environment')  

关于如何在packrat环境中使用rpy2有什么建议吗？

Answer 1

我不熟悉R包packrat，但我注意到bash +R和Python/rpy2代码有一个细微的差别，这可能很重要:在bash +R的情况下，当R启动时，它已经在您的packrat项目目录中，而在Python / rpy2的情况下，R从不同的目录开始，并使用setwd()移动到packrat项目目录中。

我读到packrat正在使用一个文件.Rprofile (https://rstudio.github.io/packrat/limitations.html)，如果在当前目录中，则在启动时由R评估。我怀疑问题在于packrat的使用方式，而不是rpy2的问题。

Answer 2

非常好的注释(隐藏文件=被遗忘的文件)。我发现了如何让它运行：

from rpy2.robjects import r
from rpy2.robjects.packages import importr

# Init the packrat environment
r.setwd('/path/to/packrat/environment')
r.source('.Rprofile')

# use the packages it contains
importr('mycustompackage')    
result = r.myfunc()

lgautier，你让我很开心，非常感谢。