TraMineR参考序列

Question

我使用TraMineR包中的函数seqdist。

首先，我在seq.all中计算了两个轨迹：

seqdist(seq.all[1:2,], method="OM", indel=1.1, sm=couts)


         [,1]     [,2]
[1,]  0.00000 46.91843
[2,] 46.91843  0.00000

所以这些轨迹之间的距离似乎是46.91843。

但是当我使用参数refseq时：

seqdist(seq.all[1,], method="OM", indel=1.1, sm=couts,refseq = seq.all[2,])

[1] 60.32636

现在，这些轨迹之间的距离似乎是60.32636。

诀窍是什么？

Answer 1

通过将序列的索引作为refseq参数传递，可以获得所有序列到所考虑的序列对象的其中一个序列的距离。因此，您可以使用以下命令获得两个序列之间的距离

seqdist(seq.all, method="OM", sm=couts, indel=1.1, refseq=2)[1]

不过，您的代码也应该可以工作，并且应该提供相同的值。