根据R中的FDR (Benjamini &Hochberg)方法调整显著性阈值(alpha)

Question

我知道R中的p.adjust函数，它能很好地满足我的需要。但是，现在我想根据FDR (Benjamini & Hochberg)方法来修正significance threshold (alpha)而不是p-values本身。例如，我们有一个10的原始p值：

0.0001,0.001,0.024,0.56,0.0077,0.55,0.0025,0.01,0.015,1

在Bonferroni的情况下，这非常简单：

alpha_Bonferroni_corrected = 0.01/ number of tests (10 in our example)=0.001

但对于FDR来说，这将是一个更棘手的问题。在R中有这样的函数吗？

Answer 1

mutoss包似乎提供了更大的灵活性

 library(mutoss)
 alpha <- 0.01
 set.seed(1234)
 p <-c(runif(10, min=0, max=0.01), runif(10, min=0.9, max=1))
 result <- adaptiveBH(p, alpha)
 result