使用tbl和src_monetdblite访问数据

Question

很抱歉，如果这个问题在别处被问过，我找不到它。我正在使用MonetDBLite中的一些basic examples。

> dbGetQuery(dbcon, "SELECT MAX(mpg) FROM mtcars WHERE cyl = 8")
L3
1 19.2

有效，但是

> ms <- MonetDBLite::src_monetdblite("./DB")
> t <- tbl(ms, "mtcars")
Error in UseMethod("tbl") : 
no applicable method for 'tbl' applied to an object of class
"c('src_monetdb', 'src_sql', 'src')"

它似乎试图将数据库赋值给t，而不是表。

任何建议都将不胜感激。

我仔细阅读了参考资料，发现了一个useR2016演示文稿，并注意到其中的不同之处：

> ms
src:  MonetDBEmbeddedConnection
tbls: mtcars

好奇..。

Answer 1

我非常喜欢和dplyr一起使用MonetDBLite。我对Hannes Mühleisen's的补充(谢谢你的套餐！)答案是，您加载包的顺序似乎很重要。在dplyr和dbplyr之后加载MonetDBLite似乎是我的关键。首先加载MonetDBLite会导致类似于nzgwynn提到的错误。

有时我可以毫无问题地连接到数据库。其他时候，我会收到如下错误消息：

UseMethod("db_query_fields")中出现

错误:没有适用于"MonetDBEmbeddedConnection“类的对象的”db_query_fields“方法。

像nzgwynn一样，我很困惑为什么它有时可以工作，而其他时候却不行。对我来说，重新启动和重新安装不一定能解决这个问题。

这条线索，来自一个关于sparklyr的问题，引导我探索包的加载顺序：

https://github.com/rstudio/sparklyr/issues/38

就像在sparklyr中提到的一样，我也注意到在其他R数据库包中，如果全局环境已经包含连接对象，MonetDBLite将自动加载和附加。我的问题是，我的工作区中有一个src_monetdb对象，它导致MonetDBLite在启动RStudio时加载。所以当我认为我是在dplyr和dbplyr之后加载它的时候，它实际上是先加载的。如果我清除工作区，然后重新启动，我可以按首选顺序加载包。到目前为止，这种方法是有效的。

我认为从一个干净的工作区开始通常被建议为良好的实践，例如：https://twitter.com/hadleywickham/status/561146907519500288。考虑到MonetDBLite的快速查询能力，从一个全新的工作空间开始也不会浪费您的时间。

最后，我将热情地介绍一下如何使用MonetDBLite。我在RStudio's database page上看到了这一点，很快就对它的设置和速度留下了深刻的印象。这是我在R中发现的处理大约2 GB数据集的最好方法。当交互地探索数据时，dplyr查询运行得如此之快，感觉就像是在处理内存中的数据。如果我想要做的只是将整个数据集加载到内存中，那么MonetDBLite的速度与我尝试过的其他方法一样快，甚至更快，比如来自fst包的read.fst()。

Answer 2

在使用tbl和朋友之前，您需要调用library("dplyr")。另外，还要确保您安装了dbplyr。

更新:另外，请确保在启动时加载的存储工作区中没有连接对象(src)。从.Rdata文件加载连接不起作用！相反，应该在每次运行脚本时从头开始创建连接/src。

Answer 3

我关闭R并再次打开它，相同的代码运行良好……