巨蟒。尝试编写一个名为one_frame的函数。似乎不起作用。如果您能帮忙，我们将不胜感激

Question

到目前为止，这是我的代码：

def get_orf(DNA):

    codon = ''
    if(DNA[0:3] == 'ATG'):
        codon = DNA[0:3]
        for x in range(3,len(DNA)+1,3):
            if DNA[x:x+3] == "TAG"  or DNA[x:x+3] == "TAA" or DNA[x:x+3] == "TGA":
                return codon
            else: codon = codon + DNA[x:x+3] 

    if codon[-3:] in ["TAG", "TAA", "TGA"]:
        return codon
    else: return 'No ORF'  

def one_frame(DNA):

    x = 0
    ORFlist = []

    while x < len(DNA):
        codon = DNA[x:]
        if DNA.startswith('ATG'):
            get_orf(DNA[x:])
            if codon:
                ORFlist.append(codon)
            x += len(codon)
    return(ORFlist)

get_orf函数工作正常，但我的one_frame函数不工作。one_frame函数应该接受一个DNA字符串作为输入。它从左到右以三个核苷酸的倍数搜索字符串-即在单个阅读框架中。当它遇到一个起始密码子“ATG”时，它会在从这个起始密码子开始(直到最后)的字符串切片上调用get_orf来返回一个开放源码。这个开放源码被添加到一个开放源码列表中，然后函数跳到DNA字符串中我们刚刚找到的开放源码之后的位置，开始寻找下一个开放源码。

Answer 1

我可以看到一些明显的问题，但不确定你到底想要什么，所以希望这能有所帮助。首先，除非one_frame以'ATG‘开头，否则你在DNA中的循环永远不会结束。我想你应该检查codon.startswith而不是DNA.startswith。您还需要在if语句之外执行x+=命令，否则当您没有按下'ATG‘时，它将永远不会被更新，因此您的循环将永远继续。您也根本没有使用get_orf的值。

我想这能行得通，

def one_frame(DNA):

    x = 0
    ORFlist = []

    while x < len(DNA):
        codon = DNA[x:]
        # Check codon instead of DNA
        if codon.startswith('ATG'):
            # Record the return value of get_orf
            orf_return_value = get_orf(DNA[x:])

            if orf_return_value:

                ORFlist.append(orf_return_value)

            x += len(orf_return_value)
        # Increment by 3 if we don't hit ATG
        else:
            x += 3

    return(ORFlist)