奇点- Centos7 -权限

Question

我在Centos7系统上使用singularity，但遇到了难以理解的like权限问题。

(这是我自己做的一个离心机/离心容器，可以在Ubuntu系统上完美地工作)

命令

singularity exec /HOMEPATH/Singularity/centrifuge_recentrifuge.simg centrifuge -x /HOMEPATH/Centrifuge/bacteria-database-centrifuge -1 /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/reads/TTOTO_R1_001.fastq.gz -2 /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/reads/TOTO_R2_001.fastq.gz -S /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_result --report-file /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_summary

错误日志

Error: Could not open alignment output file /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_result
Error: Encountered internal Centrifuge exception (#1)
Command: /usr/local/bin/centrifuge-class --wrapper basic-0 -x /HOMEPATH/Centrifuge/bacteria-database-centrifuge -S /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_result --report-file /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_summary -1 /tmp/229778.inpipe1 -2 /tmp/229778.inpipe2 
(ERR): centrifuge-class exited with value 1

看来奇点不能写临时文件，也不能写classification_result文件，或者两者都写:/

工作目录权限

ls -Z /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/
drwxr-xr-x. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 reads

ls -Z /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/reads/
-rw-r--r--. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 TOTO_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r--. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 TOTO_R2_001.fastq.gz

编辑1解决权限问题

ls -Z centrifuge_recentrifuge
drwxr-xr-x. apache apache system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 reads

ls -Z centrifuge_recentrifuge/reads/
-rw-r--r--. apache apache system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 TOTO_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r--. apache apache system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 TOTO_R2_001.fastq.gz

错误还是一样的.我已经在临时文件夹上创建了一个sudo chown -R apache:apache /tmp，但是它没有生效:/

Answer 1

ls -Z /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/
drwxr-xr-x. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 reads

这表示centrifuge_recentrifuge目录的唯一所有者有权在该目录中创建项目，并且该目录的所有者是用户root。因此，只有root可以在该目录中创建项目。

假设您在以root身份登录时没有运行singularity程序，这就是该程序无法创建classification_result文件的原因。它也不能创建一个classification_summary文件，如果它已经尝试这么做的话。

我不知道您是否有特殊的原因将此目录归root所有。如果您这样做了，那么程序创建这些文件的唯一方法就是您以root用户身份运行它。当然，使用root帐户进行系统管理以外的任何事情通常都不是一个好主意。

通常的方法是将HOMEPATH目录及其下面的所有内容归为创建特定HOMEPATH的个人(非root)用户所有。在此模型中，单个用户将是centrifuge_recentrifuge目录的所有者，因此，如果您以该用户身份登录时运行singularity程序，则该程序将能够在其中创建所需的任何文件。

要从您现在所处的位置转到这种情况，要更改HOMEPATH及其下面的所有内容的所有权，您可以以root身份登录(或使用sudo)，然后运行：

  chown -R myuser /HOMEPATH

其中，myuser是将HOMEPATH作为其主目录的帐户的用户名。

这应该足以让程序运行。但是，为了完整性，您还应该更改HOMEPATH及其下面的所有内容的组所有权，以与单个用户的组相匹配。为此，请运行以下命令：

  chown -R myuser:mygroup /HOMEPATH

其中，mygroup是包含用户myuser的组。如果您不知道组名应该是什么，请以myuser身份登录并运行id -ng命令。组名称与用户名相同是很常见的，因此，如果id命令的结果与myuser相同，请不要惊讶。在某些系统上，您可以运行：

  chown -R myuser: /HOMEPATH

在myuser后面只有一个冒号:，该命令将为您确定组名。如果这能在你的系统上工作，那么你就不需要跳id -ng舞了。