贝叶斯生存分析

Question

我想使用威布尔分布来构造用于生存分析的stan(rstan)代码。但是我的stan代码总是不能工作。如果有人知道如何处理我的问题，请教我。

我的数据是这样的

运动：(进行橙花行为的时间)处理:有两个分类变量"A"，"B“的实验处理r_Day:考虑特定日期影响的随机效应

我的stan代码如下所示。

data {
     int N; // all data
     int D; // day
     int <lower = 0, upper = 1> Treat[N]; 
     int <lower = 0> Movment[N];
     int <lower = 1, upper = D> Day[N];
     }

 parameters {
      real <lower = 0> shape; // shape parameter
      vector[2] beta; 
      real r_Day[D];
      real <lower = 0> sigma_D; 
      }

transformed parameters{
    vector[N] scale; // scale parameter
    for(n in 1:N) scale[n] = beta[1] + beta[2]*Treat[n] + r_Day[Day[n]];
    }


model {
    for(n in 1:N) Movment[n] ~  weibull(shape, exp(-(scale[n]/shape))) ;
    for (d in 1:D) r_Day[d] ~ normal(0, sigma_D);
}

但这段代码总是得到错误"Log probability evaluates to log(0)，即负无穷大。Stan无法从这个初始值开始采样。拒绝初始值：“，并且采样停止。

请教我如何处理这个错误。

Answer 1

这很可能是因为您在参数块中声明了sigma_D，但没有使用它，也没有在它上面放上优先级。我假设您的意思是按sigma_D扩展r_Day，但您仍然应该对所有参数设置适当的优先级。