Bio7导入模块

Question

我尝试使用Bio7数据流。可以从R获取数据帧并在Python脚本中使用。我尝试使用以下代码

import pandas as df
print("here we are")
df=RServeUtil.fromR("iris")
print(df)

但是我在import语句中有一些错误。

Answer 1

你可能会混淆一些东西：

• Bio7与Python没有任何关系，它是用于生态建模的集成开发环境，并且用于
  • 的Bio7在您的代码中没有任何意义。

您收到错误消息，因为您可能尚未安装pandas。

顺便说一句，更常见的是导入带有pd名称的熊猫：

import pandas as pd

你代码中的名称df是一个数据框架的通用名称，例如熊猫的dataframe -看起来你试图组合来自两个不同来源的代码，一个用于熊猫，另一个用于Bio7。

Answer 2

Bio7默认使用Jython，Jython不支持一般的Python包，参见：

https://en.wikipedia.org/wiki/Jython

http://www.jython.org/

Jython在Java Virtual Maschine进程中运行，可以访问Python语法中使用的Python，但缺乏许多功能强大的Bio7包的支持。

此外，还可以使用原生Python解释器在Bio7中执行Python脚本(控制台也支持访问)

当然，由于Bio7是基于Eclipse的，因此您可以通过Bio7更新管理器安装更强大的通用Python和Jython编辑器(PyDev)，请参阅：

https://marketplace.eclipse.org/content/pydev-python-ide-eclipse

Bio7还支持使用服务器桥(P4J：http://py4j.sourceforge.net/)转换到Python，但我认为在您的情况下也可以使用直接的R桥，例如，使用：

https://rpy2.bitbucket.io/

如果你在Python中工作。

然而，这取决于你想要做什么。也许单独使用Jython就能满足您的需要。

Answer 3

我刚刚测试了一个有趣的变通方法，从Python (而不是Jython )调用Rserve，Jython默认支持Rserve。

您可以将pyRserve (https://pythonhosted.org/pyRserve/intro.html#documentation)作为Python包安装。

在Bio7中，您可以使用Rserve操作启动Rserve。但是，您也可以通过再次调用该操作来切换到本机R控制台(也可以在没有Rserve的情况下使用可用控制台操作单独启动)。

请注意，在此之前的所有R工作区变量也将保留在原生R控制台中，因为在所有平台上的Bio7中都有特殊的Rserve版本！

现在，我可以使用以下命令从R控制台(不是从Bio7管理)启动Rserve：

run.Rserve()

最后，我可以将Python连接到Rserve并计算脚本，如下所示：

import pyRserve 
conn = pyRserve.connect()
conn.eval("print(runif(100))")
#conn.close()
conn.shutdown()

在上面的示例中，我在脚本中关闭了Rserve，以便可以使用Bio7工具栏操作再次连接到Rserve。

通过这种简单的方式，我可以访问所有当前可用的R工作区数据(例如，ImageJ数据等)。或者将数据从Python发送到R。

在Bio7中使用已安装的PyDev编辑器插件时：https://youtu.be/-kySAN9doXQ

在Python脚本的专用上下文菜单中使用“Run as”操作。

还请注意，如果有必要查看Bio7结果，请使用PyDev编辑器切换到Bio7控制台(请参阅控制台操作“显示选定的控制台”)！

可以在Python中对R中的变量进行赋值，如下所示：

t=conn.eval("runif(100)")
print t