确定不匹配(MM)和完全匹配(PM)芯片设计

Question

由于我们对阵列芯片使用了不同的预处理封装，其中只有PM探针设计，而PM和MM探针都基于设计。

我的确切问题是，我们如何确定哪些affy芯片仅具有PM设计，以及哪些芯片同时具有PM和MM设计？

Answer 1

因为不能知道答案真的很烦人，所以我也把它贴在这里，这是我从其他地方得到的：

作为一般规则，所有3‘-偏置数组都是PM/MM，之后的所有数组都是PM-only (然而，至少有几个例外)。3‘-偏置阵列(至少其中大多数)在Bioconductor上有cdf软件包(请访问此处并搜索cdf表)。

有更多严格的方法可以告诉你，但这需要你做比使用一般规则更多的事情。例如，访问ThermoFisher网站并尝试查找文档或支持信息。假设您可以使用AffyCompatible包来查询每个阵列的cdf或clf/pgf/mps文件(其中cdf的存在很好地表明该阵列是PM/MM，但也不是100%)。

也就是说，没有令人信服的理由来处理PM/MM阵列和仅PM-only阵列。RMA算法是Affy数组处理的事实标准，虽然对于PM/MM数组，使用其他方法(如gcrma)可能会得到略有不同的结果，但在一般情况下，额外的工作是否会对结果产生实质性的影响还不清楚

Answer 2

这个问题可能非常适合堆栈溢出的生物信息学部分。