从源安装RcppArmadillo时找不到'RcppArmadillo.h‘文件

Question

RcppArmadillo 0.8.400.0.0在我的电脑上运行良好，来自sourceCpp和cxxfunction。现在我想升级到0.8.500.0，它需要从源代码编译。然后我得到了错误

ccache /usr/local/clang6/bin/clang++ -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rcpp/include" -I/usr/local/include  -I/Applications/CPLEX_Studio128/cplex/include -I/Applications/CPLEX_Studio128/concert/include -DIL_STD -fPIC  -Wall -g -O2 -c RcppArmadillo.cpp -o RcppArmadillo.o
RcppArmadillo.cpp:22:10: fatal error: 'RcppArmadillo.h' file not found
#include <RcppArmadillo.h>
         ^~~~~~~~~~~~~~~~~
1 error generated.

无论我是在RStudio中运行install.packages("RcppArmadillo")，还是在RStudio外部的R控制台中运行，都会出现此错误。我的编译器是clang4，安装RcppParallel或使用RcppArmadillo和RcppParallel编译我自己的Rcpp代码都没有问题。R版本: 3.5.0，MacOS高山。

编辑:我看了https://github.com/RcppCore/RcppArmadillo/issues/143，这是非常相关的。我确实安装了clang6和gfortran6.1，它们都是从CRAN网站下载的。我还更改了.R/Makevars文件以反映对clang6的更改。我还按照建议安装了ccache，以加快编译速度。这是我的Makevars

F77 = /usr/local/gfortran/bin/gfortran
FC = $F77
FLIBS=-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin16/6.3.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm
CC=ccache /usr/local/clang6/bin/clang
SHLIB_CXXLD=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX= ccache /usr/local/clang6/bin/clang++  -Wall
CXX1X= ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98= ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11= ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14= ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX17= ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib

当我安装这个包(添加到上面的错误消息中)时，从R控制台的输出中，我可以看出clang6用于编译。我还找到了下载的RcppArmadillo压缩包，将其解压缩，然后从命令行运行./configure。这里似乎没有什么问题；没有生成config.log文件。这似乎不是一个配置问题。然后，我仍然得到完全相同的错误，当我尝试在R中安装包，配置后，在libs中。我也没有收到任何关于-fopenmp的消息。看起来我的问题和GitHub的问题有点不同。

Answer 1

R 3.5.x需要clang6并将clang6添加到系统PATH变量中。

步骤：

X从CRAN下载并安装clang-6.0.0.pkg官方包。

X删除您的~/.R/Makevars，因为它可能设置为使用clang4。为此，请打开终端并键入：

sudo rm ~/.R/Makevars

X然后将以下内容添加到~/.bash_profile中：

if [ -d "/usr/local/clang6/bin" ] ; then
    export PATH="/usr/local/clang6/bin:$PATH"
fi

注意：如果您使用的是bash以外的shell，则需要将上述代码添加到相应的文件中，例如，对于zsh add to ~/.zshrc，这并未在官方安装程序中实现。

我应该有几个周期来完成一个新的非官方Rtools安装程序的编写。请参阅：https://github.com/coatless/r-macos-rtools/issues/7

注意：或者，您可以使用以下命令删除单独的路径

sudo vi ~/.R/Makevars

按I进入插入模式，删除路径中带有clang4的行，然后按ESC + :wq将更改写入文件。

Answer 2

不要紧，这个问题在0.8.600版本中消失了。后来，当我升级到RcppArmadillo 0.9.100.5.0时，这个问题再次出现。不知何故，我只有在从源代码构建时才得到这个错误；我从CRAN网站手动下载了二进制文件，并使用R CMD INSTALL安装了预构建的版本，它工作了；不知何故，R似乎不知道最新版本有可用的二进制文件。

我确实安装了clang6并修改了.R/Makevars以使用clang6，但同样的问题仍然存在；可能是其他原因导致了问题。