与ComplexHeatmap的群集不一致？

Question

因此，我试图使用Bioconductor的ComplexHeatmap包为我的数据生成热图，但我得到的结果略有不同，这取决于我是自己制作树状图，还是让热图制作它。

包：

require(ComplexHeatmap)
require(dendextend)

数据：

a=rnorm(400,1)
b=as.matrix(a)
dim(b)=c(80,5)

如果我自己做树状图：

d=dist(b,method="euclidean")
d=as.dist(d)
h=hclust(d,method="ward.D")
dend=as.dendrogram(h)

Heatmap(b,
    cluster_columns=FALSE,
    cluster_rows = dend)

与使用Heatmap进行群集相比：

Heatmap(b,
    cluster_columns=FALSE,
    clustering_distance_rows = "euclidean",
    clustering_method_rows = "ward.D") 

它们看起来非常相似，但它们会略有不同。

这对我的数据很重要。Heatmap的聚类最终以更好的方式组织我的数据，然而，我也想通过像cutree()这样的方法来提取聚类项目的列表，但我不认为我可以从Heatmap的聚类中提取它。

有人知道这是怎么回事吗？

Answer 1

树状图是一样的。唯一变化的是顺序。您可以使用以下命令进行验证：

hmap1 <- Heatmap(b,
                 cluster_columns=FALSE,
                 cluster_rows = dend)

hmap2 <- Heatmap(b,
                 cluster_columns=FALSE,
                 clustering_distance_rows = "euclidean",
                 clustering_method_rows = "ward.D") 

#Reorder both row dendrograms using the same weights:
rowdend1 <- reorder(row_dend(hmap1)[[1]], 1:80)
rowdend2 <- reorder(row_dend(hmap2)[[1]], 1:80)

#check that they are identical:
identical( rowdend1, rowdend2)
## [1] TRUE

ComplexHeatmap::Heatmap函数有一个参数row_dend_reorder，其默认值为TRUE，您应该检查该参数。