T检验数据框中一行(参考样本)与所有其他行的比较

Question

下面是我的数据的一个子集(数据集)。它总结了用不同药物处理细胞后的细胞活性(实际数据集有1200种药物)。实验一式三份(samples1、2和3)。为了简单起见，我生成了一个小数据集，如下所示：

             sample_01        sample02         sample03
untreated    100                120                110
drug1         50                 49                48
drug2         90                 87               80
drug3          40                43               42

我想对未处理的细胞存活率值与我使用的每种药物进行t检验。

我尝试使用for循环，但它不起作用：

for (i in 1:nrow(dataset)) {
   x = dataset["untreated",]
   y = dataset[i,]
   result<-t.test(x,y)
}

Answer 1

以下是你的帖子中的数据集示例：

dataset <- data.frame(sample_01=c(100,50,90,40),
                      sample_02=c(120,49,87,43),
                      sample_02=c(110,48,80,42)
                      )
rownames(dataset) <- c("untreated", "drug1", "drug2", "drug3")

你的循环看起来很好，只需要做两处修改：

首先，您应该从2开始循环，而不是从1开始，因为您不想将第一行与其本身进行比较(未处理)。

第二，你应该把你的结果存储在一个列表中，而不是覆盖一个叫做" results“的变量，因为这样你每次都会在一个循环中重写它，最后只会得到最后一行的答案。

修改如下：

results <- list()
for (i in 2:nrow(dataset)) {
  x <- dataset["untreated",]
  y <- dataset[i,]
  results[[i-1]] <- t.test(x,y)
}

现在，您可以获得p值：

> sapply(results, getElement, "p.value")
[1] 0.008337497 0.033407617 0.006107201

或者，为了让事情变得更简单，您可以考虑使用包：

library(matrixTests)
> row_t_welch(dataset[-1,], dataset["untreated",])
      obs.x obs.y obs.tot   mean.x mean.y mean.diff     var.x var.y   stderr       df  statistic      pvalue  conf.low  conf.high alternative mean.null conf.level
drug1     3     3       6 49.00000    110 -61.00000  1.000000   100 5.802298 2.039996 -10.513075 0.008337497 -85.50204 -36.497961   two.sided         0       0.95
drug2     3     3       6 85.66667    110 -24.33333 26.333333   100 6.489307 2.985027  -3.749758 0.033407617 -45.04393  -3.622734   two.sided         0       0.95
drug3     3     3       6 41.66667    110 -68.33333  2.333333   100 5.840472 2.093283 -11.699968 0.006107201 -92.41964 -44.247023   two.sided         0       0.95