R-我的床单寿司图中没有出现峰值

Question

我使用了以下代码：` `library('Sushi')

# Import dataset to R
chrom = "chr3"
chromstart = 189349216
chromend = 189615068
# Plot bedgragh 
plotBedgraph(Test_bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol= 
SushiColors(5))
# Label genome 
labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=4,scale="Mb")
# Label y axis
mtext("Read depth",side=2,line=3,cex=1,font=2)
axis(side=2,las=2,tcl=.2)`

绘制来自UCSC的CHIP-seq数据，但没有出现峰值。为了排除所使用的数据类型(broadpeak、窄峰)，并且如果它特定于l正在查看的区域，l已经导入了其他区域的不同峰值数据，但最终仍然没有绘制峰值。下面是我的原始区域(没有峰值)的示例：

​

上面使用的代码l直接来自'Sushi‘包文档。L如何修复这个问题，这样l就可以绘制这样的图(具有峰值)：

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Answer 1

我也遇到了同样的问题，解决方法如下：

确保R/ RStudio可以读取您的床上记录文件

A <- read.delim("Test.begraph")头(A)

输出应如下所示(以矩阵的形式！)并将特定于您的卧床记录仪，即chr3 )

色度值1 chr12 3025780 3025963 0.5 2 chr12 3098218 3098548 0.5 3 chr12 3188951 3189233 0.5 4 chr12 3209257 3209490 0.5 5 chr12 3210230 3210483 0.5 6 chr12 3235648 3235987 0.5

然后尝试以下代码：

蓝色(A，plotBedgraph，chromstart，chromend，transparency=.50，flip=FALSE，color=“蓝色”，linecol=“蓝色”)

"flip=FALSE“是我一直使用的，因为我在同一张图上绘制了两个DNA结合蛋白的床图文件！这将是可选的，但是如果您也决定在同一个图上绘制两个因子的ChIPseq数据以进行比较，那么您将需要它并重新缩放第二个图以匹配第一个图。重新缩放代码显示在下面的“Usage”下的链接中：https://rdrr.io/bioc/Sushi/src/R/plotBedgraph.R

希望它能帮上忙！