Else-If带有空变量的饱和元素不起作用

Question

我正在尝试在shell/bash脚本中编写一个if-else条件，它将用于许多不同的文件，因此它不适合特定的结构。

我有三个不同的文件，并且从每个文件中选择了最多三个不同的变量，这些变量进入if-else语句。在我的脚本中，我将这段代码写在开头(可能写得更好)，如下所示：

ANC1=$(sed -n 1p file1 | cut -f 1 -d' ' )
ANC2=$(sed -n 2p file1 | cut -f 1 -d' ' )
ANC3=$(sed -n 3p file1 | cut -f 1 -d' ' )

ANC11=$(sed -n 1p file2 | cut -f 1 -d' ' )
ANC21=$(sed -n 2p file2 | cut -f 1 -d' ' )
ANC31=$(sed -n 3p file2 | cut -f 1 -d' ' )

ANC15=$(sed -n 1p file3 | cut -f 1 -d' ' )
ANC25=$(sed -n 2p file3 | cut -f 1 -d' ' )
ANC35=$(sed -n 3p file3 | cut -f 1 -d' ' )

例如，从这些文件中，可能会产生以下变量：

echo ${ANC1}
FIN
echo ${ANC2}
NFE
echo ${ANC3}


echo ${ANC11}
FIN
echo ${ANC21}
NFE
echo ${ANC31}


echo ${ANC15}
FIN
echo ${ANC25}
NFE
echo ${ANC35}
SAS 

从这里开始，我编写了if-else语句(考虑到上面提到的三个文件中可能缺少的变量)。为了理解它，尝试执行以下操作：

第一个条件:如果所有变量都不为空；第二个条件:如果第三个变量是唯一缺少的变量；第三个条件:如果第三个和第二个变量为空

if [ "${ANC3}" != "" ] || [ "${ANC31}" != "" ] || [ "${ANC35}" != "" ]; then

    echo "***** three variables *****"

    bcftools merge -m both \
    fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC2}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC3}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.${ANC3}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC21}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC31}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref2.new.genotypes_${ANC11}.${ANC21}.${ANC31}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC25}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC35}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC15}.${ANC25}.${ANC35}.vcf.gz

elif 
    [ "${ANC3}" == "" -a "${ANC2}" != "" ] || [ "${ANC31}" == "" -a "${ANC21}" != "" ] || [ "${ANC35}" == "" -a "${ANC25}" != "" ]; then

    echo "***** two variables *****"

    bcftools merge -m both \
    fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC2}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC21}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref2.new.genotypes_${ANC11}.${ANC21}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC25}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC15}.${ANC25}.vcf.gz

elif 
    [ "${ANC3}" == "" -a "${ANC2}" == "" ] || [ "${ANC31}" == "" -a "${ANC21}" == "" ] || [ "${ANC35}" == "" -a "${ANC25}" == "" ]; then 

    echo "***** one variable ***** "

    cp fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.vcf.gz

    cp fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz fileref2.new.genotypes_${ANC11}.vcf.gz

    cp fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz fileref1.new.genotypes_${ANC15}.vcf.gz

fi

每次我运行这个脚本时，都会生成3个文件，但有时情况并非如此。第一部分有效(对于所有变量都不为空的文件)-但第二和第三个条件似乎不起作用。我还尝试了[ -z "${ANC3}" ]和[ -n "${ANC2}" ]来分别表示缺失和非缺失，但这也不起作用。我也尝试过[[ ]]与[ ]的比较，但仍然是一样的。

我明显漏掉了什么吗？

Answer 1

我不确定我是否理解逻辑是如何工作的，但我认为您在使用De Morgan's laws时可能会遇到问题，这与逻辑否定如何与and和OR相结合有关。英语在这一点上往往相当草率，所以当你将你想要的东西转换成代码逻辑时，你必须仔细考虑。具体来说，您说的是“第一个条件:如果所有变量都不是空的”，而是相应的if语句：

if [ "${ANC3}" != "" ] || [ "${ANC31}" != "" ] || [ "${ANC35}" != "" ]; then

..actually对应于“如果任何变量不为空”。

在您给出的示例中，ANC3和ANC31都为空(因此前两个测试返回为false)，而ANC35不为空(为"SAS")，因此第三个测试为真。false || false || true的计算结果为true，因此if条件整体为true，且将执行if语句的分支。当只有一个变量为非空时，这是应该发生的事情吗？

如果我对这个问题的判断是正确的，那么第一个if语句应该是&&s而不是||s，如下所示：

if [ "${ANC3}" != "" ] && [ "${ANC31}" != "" ] && [ "${ANC35}" != "" ]; then

elif测试也可能有类似的问题，但正如我所说的，我不确定我是否理解它应该正确地做什么。

Answer 2

这并不是一个完整的答案，但以下是给定变量$x、$y和$z的简单POSIX shell示例：

第一个条件:如果所有变量都不为空；

[ "$x" -a "$y" -a "$z" ] && do_stuff

第二个条件:如果第三个变量是唯一缺少的变量；

[ "$x" -a "$y" -a ! "$z" ] && do_stuff

第三个条件:如果第三个和第二个变量为空

[ "$y$z" ] || do_stuff