hdf5 (fortran)库中缺少H5dread_f符号

Question

我在编译WRF-DA代码时遇到了一个问题(代码是here)

失败的编译行-

ftn -c -ip -O3  -w -ftz -fno-alias -align all -FR -convert big_endian   -r8        -real-size `expr 8 \* 8` -i4 -I../external/crtm_2.2.3/libsrc   -I/opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/include   -L/opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/lib/  -lhdf5hl_fortran -lhdf5_fortran -lhdf5  da_radiance.f 

  da_radiance.f(5884): error #6285: There is no matching specific subroutine for this generic subroutine call.   [H5DREAD_F]
      call H5Dread_f(dhnd1, &
-----------^

我尝试在库中搜索相关的符号，不出所料，该符号不存在(出现的是h5dread_f_c)。

nm /opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/lib/libhdf5*|grep -i h5dread_f
nm: /opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/lib/libhdf5.settings: File format not recognized
nm: /opt/cray/pe/hdf5/1.10.0.3/INTEL/16.0/lib/libhdf5_cpp_intel_160.la: File format not recognized
                 U h5dread_f_c
                 U h5dread_f_c
0000000000001290 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
                 U h5dread_f_c
                 U h5dread_f_c
0000000000001290 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
                 U h5dread_f_c
                 U h5dread_f_c
0000000000001290 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c
0000000000035320 T h5dread_f_c

我尝试编译hdf5-1.10.2。快速浏览一下代码，我发现该函数似乎已在fortran/src/H5Dff.F90中声明(&注释)为-

!  M. Scot Breitenfeld
!  September 17, 2011
!
! Fortran2003 Interface:
!!  SUBROUTINE h5dread_f(dset_id, mem_type_id, buf, hdferr, &
!!                       mem_space_id, file_space_id, xfer_prp)
!!    INTEGER(HID_T), INTENT(IN)              :: dset_id
!!    INTEGER(HID_T), INTENT(IN)              :: mem_type_id
!!    TYPE(C_PTR)   , INTENT(INOUT)           :: buf
!!    INTEGER       , INTENT(OUT)             :: hdferr
!!    INTEGER(HID_T), INTENT(IN)   , OPTIONAL :: mem_space_id
!!    INTEGER(HID_T), INTENT(IN)   , OPTIONAL :: file_space_id
!!    INTEGER(HID_T), INTENT(IN)   , OPTIONAL :: xfer_prp
!*****
  SUBROUTINE h5dread_ptr(dset_id, mem_type_id, buf, hdferr, &
       mem_space_id, file_space_id, xfer_prp)

这个功能在最新版本的HDF5中已经被淘汰了吗？如果是，那么请为我可以找到这个符号的HDF5共享一个合适的(旧的)库版本(&相关的编译标志)。

如果我能提供任何进一步的信息，请告诉我。

Answer 1

h5dread_f是一个接口，它映射到以下内容之一

INTERFACE h5dread_f
   MODULE PROCEDURE h5dread_reference_obj
   MODULE PROCEDURE h5dread_reference_dsetreg
   MODULE PROCEDURE h5dread_char_scalar
   MODULE PROCEDURE h5dread_ptr
END INTERFACE

似乎传递到函数中的类型无效。

(感谢来自HDF5组的戴夫)