Libreoffice在从R调用时出现"Application Error“

Question

在一个docker容器内，我正在尝试使用LibreOffice将XLSX文件转换为PDF。相关命令在命令行上有效，但在从R调用时失败，出现“应用程序错误”。我使用这个Dockerfile，它添加了一些(在我的经验中是任意的) XLSX文件：

FROM rocker/r-ver:3.4.3

RUN apt-get update \
 && apt-get install --yes --no-install-recommends \
    default-jre-headless libreoffice-calc \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
 && echo /usr/lib/libreoffice/program > /etc/ld.so.conf.d/libreoffice.conf \
 && ldconfig

COPY foo.xlsx /tmp

( ldconfig的诀窍来自shared library issue with the system function in R。)

然后，我可以在命令行上将XLSX文件转换为PDF：

root@b395caeba33b:/# loffice --headless --convert-to pdf /tmp/foo.xlsx 
convert /tmp/foo.xlsx -> //foo.pdf using filter : calc_pdf_Export

但是，这在R：

> system("loffice --version")
LibreOffice 5.2.7.2 20m0(Build:2)

> system("loffice --headless --convert-to pdf /tmp/foo.xlsx")
convert /tmp/foo.xlsx -> //foo.pdf using filter : calc_pdf_Export
Application Error

如果我将基础镜像从rocker/r-ver:3.4.3更改为使用R 3.4.4和Debian testing/sid的rocker/r-base，结果只会有轻微的变化：

> system("loffice --version")
LibreOffice 6.0.2.1.0 00m0(Build:1)

> system("loffice --headless --convert-to pdf /tmp/foo.xlsx")
Application Error

当从R调用时，如何让LibreOffice将XLSX文件转换为PDF？

Answer 1

该问题是由于环境差异而发生的。通过system运行env命令时

> system('env')
R_UNZIPCMD=/usr/bin/unzip
HOSTNAME=da4d504ddcb1
LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/R/lib:/usr/local/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server
SHLVL=0
HOME=/root
R_LIBS_SITE=
R_BROWSER=xdg-open
PAGER=/usr/bin/pager
R_VERSION=3.4.3
BUILD_DATE=
R_SYSTEM_ABI=linux,gcc,gxx,gfortran,?
TAR=/bin/tar
R_LIBS_USER=/usr/local/lib/R/site-library
TERM=xterm
COLUMNS=200
R_ARCH=
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
R_BZIPCMD=/bin/bzip2
R_INCLUDE_DIR=/usr/local/lib/R/include
R_SESSION_TMPDIR=/tmp/RtmpJsaXba
LANG=en_US.UTF-8
R_GZIPCMD=/bin/gzip
SED=/bin/sed
LN_S=ln -s
R_PDFVIEWER=/usr/bin/xdg-open
R_TEXI2DVICMD=/usr/bin/texi2dvi
R_HOME=/usr/local/lib/R
R_PRINTCMD=/usr/bin/lpr
R_DOC_DIR=/usr/local/lib/R/doc
R_LIBS=/usr/local/lib/R/site-library:/usr/local/lib/R/library:/usr/lib/R/library
LC_ALL=en_US.UTF-8
R_SHARE_DIR=/usr/local/lib/R/share
PWD=/
R_ZIPCMD=/usr/bin/zip
R_PLATFORM=x86_64-pc-linux-gnu
R_PAPERSIZE=letter
LINES=50
MAKE=make
R_RD4PDF=times,inconsolata,hyper
EDITOR=vi

您可以看到默认的R有一组环境变量，其中一个是LD_LIBRARY_PATH。

> system('loffice --headless --convert-to pdf /tmp/foo.xlsx')
Application Error
> system('LD_LIBRARY_PATH= loffice --headless --convert-to pdf /tmp/foo.xlsx')
convert /tmp/foo.xlsx -> //foo.pdf using filter : calc_pdf_Export

清除它，它就能正常工作。它在bash中工作的原因是因为缺省环境变量集很小

root@5c5bbcfcebf2:/# env
LC_ALL=en_US.UTF-8
LANG=en_US.UTF-8
HOSTNAME=5c5bbcfcebf2
PWD=/
HOME=/root
R_VERSION=3.4.3
BUILD_DATE=
TERM=xterm
SHLVL=1
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
_=/usr/bin/env

同样，当您从bash启动r而不是R时

root@5c5bbcfcebf2:/# r -i
system('env')
R_UNZIPCMD=/usr/bin/unzip
HOSTNAME=5c5bbcfcebf2
SHLVL=1
R_INSTALL_PKG=littler
HOME=/root
R_ENVIRON=
R_LIBS_SITE=
R_BROWSER=xdg-open
PAGER=/usr/bin/pager
R_VERSION=3.4.3
BUILD_DATE=
R_SYSTEM_ABI=linux,gcc,gxx,gfortran,?
R_PROFILE_USER=
TAR=/bin/tar
_=/usr/local/bin/r
R_LIBS_USER=/usr/local/lib/R/site-library
TERM=xterm
R_ARCH=
R_PAPERSIZE_USER=letter
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
R_BZIPCMD=/bin/bzip2
R_INCLUDE_DIR=/usr/local/lib/R/include
R_SESSION_TMPDIR=/tmp
R_OSTYPE=unix
LANG=en_US.UTF-8
R_CMD=/usr/local/lib/R/bin/Rcmd
R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
R_PACKAGE_NAME=littler
R_GZIPCMD=/bin/gzip
LN_S=ln -s
SED=/bin/sed
R_PDFVIEWER=/usr/bin/xdg-open
R_PROFILE=
R_ENVIRON_USER=
R_TEXI2DVICMD=/usr/bin/texi2dvi
R_HOME=/usr/local/lib/R
R_PRINTCMD=/usr/bin/lpr
R_DOC_DIR=/usr/local/lib/R/doc
R_LIBS=/usr/local/lib/R/site-library:/usr/local/lib/R/library:/usr/lib/R/library
LC_ALL=en_US.UTF-8
PWD=/
R_SHARE_DIR=/usr/local/lib/R/share
R_ZIPCMD=/usr/bin/zip
R_PAPERSIZE=letter
R_PLATFORM=x86_64-pc-linux-gnu
MAKE=make
R_RD4PDF=times,inconsolata,hyper
EDITOR=vi

在使用r -i从bash启动的交互式外壳中

system('LD_LIBRARY_PATH= loffice --headless --convert-to pdf /tmp/foo.xlsx')
convert /tmp/foo.xlsx -> //foo.pdf using filter : calc_pdf_Export

system('loffice --headless --convert-to pdf /tmp/foo.xlsx')
convert /tmp/foo.xlsx -> //foo.pdf using filter : calc_pdf_Export
Overwriting: //foo.pdf

正是从父进程继承的子进程环境导致了您的问题

Answer 2

我已经找到了一种解决方法，但我仍然对适当的解释感兴趣。这是我发现的：

使用option --security-opt seccomp:unconfined启动docker容器并安装strace.

• Within R call

system("strace -f -o R.trace loffice --headless --convert-to pdf libsal_textenclo.so生成的跟踪文件显示加载libsal_textenclo.so时出错。奇怪的是，尽管ldconfig知道在哪里可以找到这个库，但它仍然在/usr/lib/x86_64-linux-gnu中搜索库：

root@1519f52c05e0:/# grep libsal R.trace 257 open("/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsal_textenclo.so"，O_RDONLY|O_CLOEXEC) = -1 ENOENT (无此类文件或目录) root@1519f52c05e0:/# ldconfig -p | grep libsal libsal_textenclo.so (libc6，x86-64) => LD_LIBRARY_PATH to include /usr/lib/libreoffice/program not解决了此问题。

root@4a235dfa08e3:~# export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/libreoffice/program root@4a235dfa08e3:~# Rscript -e 'system("loffice --headless -- convert -to pdf /tmp/foo.xlsx")‘Application Error

• 我当前的解决办法是在R session:Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/libreoffice/program") > system("loffice --headless --convert-to pdf /tmp/foo.xlsx")转换/tmp/foo.xlsx中设置LD_LIBRARY_PATH使用过滤器覆盖-> //foo.pdf : calc_pdf_Export覆盖: //foo.pdf