R错误中的Make_network错误- "veg_distance“不可用于包"vegan”的.C()

Question

当我从“素食”R包运行make_work时，我得到了一个错误：

net <- make_network(ps)

Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N *  : 
"veg_distance" not available for .C() for package "vegan"

这是我的镇静信息：

R version 3.4.4 (2018-03-15)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] vegan_2.5-1             lattice_0.20-35         permute_0.9-4          
[4] phyloseqGraphTest_0.0.1 ggplot2_2.2.1           phyloseq_1.22.3 

我见过与这个错误相关的其他案例，它们建议卸载并重新安装素食，我就是这么做的(因此最近更新了这个包)，但都没有用。

Answer 1

这很可能是phyloseq与素食内部交互的问题--至少在素食和github中的phyloseq中都报告了类似的问题。另一种选择似乎是：

1. 如果在素食 2.5-1更新后重新安装phyloseq(到同一版本)会有帮助，你可以尝试一下:似乎phyloseq在安装或构建时保存了素食<代码>e217函数(或者，我不知道)，而且它将使用该私有版本，即使当使用旧内部结构的最新版本为2.4-6时，它也会使用该私有版本(在phyloseq.
2. If中修复该问题之前，也会在中使用该版本)，请尝试找到解决该问题的方法。

Answer 2

我也遇到了同样的问题(使用来自phyloseq的另一个函数ordinate())，并且我认为我让它工作了。人们非常详细地讨论了它：https://github.com/joey711/phyloseq/issues/921。在阅读了cjfield在上面链接的页面上的建议后，我将在这里留下对我有效的建议。

# First get stringi straight
install.packages("stringi", configure.args="--disable-pkg-config")
library(stringi)
packageVersion("stringi")
# Vegan
install.packages("vegan")
library(vegan)
packageVersion('vegan') #should be 2.5-1 (or more recent, if someone reads this later)
# Phyloseq. Install the latest version from github (the version on other repos may still have the bug)
library("devtools")
install_github("joey711/phyloseq")
library(phyloseq)
packageVersion('phyloseq')

在此之前，我尝试降级素食并再次安装phyloseq，但没有成功。

Answer 3

从github安装phyloseq。它解决了这个问题。

library("devtools")

install_github("joey711/phyloseq")

packageVersion('phyloseq')

1‘1.231’