使用prcomp的PCA

Question

我正在使用PCA prcomp绘制我的数据。我需要的是显示每个原则的百分比我是说PC1，.....在X轴和Y轴上，以下是我的代码：

prcomp(x)
plot(prcomp(x))
summary(prcomp(x))
biplot(prcomp(x, scale=TRUE))

我不知道需要添加哪些代码才能显示每个轴上的PC百分比。另外，当我键入此代码时：

biplot(prcomp(mo, scale=TRUE)) 

它将自动显示PC1和PC2，例如，为了获得PC2和PC3的绘图，我应该输入哪些代码。

任何提示都将不胜感激。

Answer 1

prcomp对象的基本R绘图方法是相当基本的。我会安装ggfortify包并查看these examples。

例如，基本图显示了每台PC在轴标签上解释的百分比方差。这是"screeplot“条的替代方法：

library(ggfortify)
pc1 <- prcomp(iris[, 1:4]
autoplot(pc1, data = iris, colour = "Species")

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您可以使用x和y参数指定不同的PC。您还可以显示负载，就像在双线图中一样。

autoplot(pc1, data = iris, 
              colour = "Species", 
              loadings = TRUE, 
              loadings.label = TRUE, x = 2, y = 3)

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如果您确实需要带条的屏幕图，您可以在prcomp对象中访问sdev：

library(tidyverse)
data.frame(sd = pc1$sdev) %>% 
  mutate(pct = 100 * (sd/sum(sd))) %>% 
  ggplot(aes(1:4, pct)) + geom_col()

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