Boost GraphML格式
Boost GraphML格式
提问于 2018-04-10 03:20:15
有人能解释一下Boost使用的GraphML格式吗？它包含其他GraphML编写者不使用的间接性级别。我已经包含了来自两个来源的GraphML输出，它们都来自相同的输入数据。我不明白为什么Boost似乎在“key0-N”关键字中使用了额外的间接性。任何有说服力的解释都是非常值得赞赏的。
我正在寻找一种方法来配置Boost，以生成与Java/Tinkerpop生成的输出相似或相同的输出，如下面的第一个示例所示。我想消除“key0-N”的间接性。
首先，下面是使用TinkerPop图形库的Java程序产生的输出：
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.1/graphml.xsd">
<key id="UnitName" for="node" attr.name="UnitName" attr.type="string" />
<key id="id" for="node" attr.name="id" attr.type="int" />
<key id="labelV" for="node" attr.name="labelV" attr.type="string" />
<key id="EdgeName" for="edge" attr.name="EdgeName" attr.type="string" />
<key id="labelE" for="edge" attr.name="labelE" attr.type="string" />
<key id="length" for="edge" attr.name="length" attr.type="long" />
<key id="sourceport" for="edge" attr.name="sourceport" attr.type="string" />
<key id="targetport" for="edge" attr.name="targetport" attr.type="string" />
<graph id="G" edgedefault="directed">
<node id="n0">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Div:101</data>
<data key="id">101</data>
</node>
<node id="n1">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Blow:1</data>
<data key="id">1</data>
</node>
<node id="n2">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Div:201</data>
<data key="id">201</data>
</node>
<node id="n3">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Blow:2</data>
<data key="id">2</data>
</node>
<node id="n4">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Sta:10 Sta10</data>
<data key="id">10</data>
</node>
<node id="n5">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Sta:11 Sta11</data>
<data key="id">11</data>
</node>
<node id="n6">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">IZ:1002</data>
<data key="id">1002</data>
</node>
<node id="n7">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Sta:20</data>
<data key="id">20</data>
</node>
<node id="n8">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Sta:21</data>
<data key="id">21</data>
</node>
<edge id="e0" source="n0" target="n4">
<data key="labelE">edge</data>
<data key="EdgeName">Edge from Div:101 to Sta:10 Sta10</data>
<data key="length">80</data>
<data key="sourceport">0</data>
<data key="targetport"></data>
</edge>
<edge id="e1" source="n0" target="n5">
<data key="labelE">edge</data>
<data key="EdgeName">Edge from Div:101 to Sta:11 Sta11</data>
<data key="length">80</data>
<data key="sourceport">1</data>
<data key="targetport"></data>
</edge>
<edge id="e2" source="n0" target="n6">
<data key="labelE">edge</data>
<data key="EdgeName">Edge from Div:101 to IZ:1002</data>
<data key="length">20</data>
<data key="sourceport">3</data>
<data key="targetport"></data>
</edge>
<edge id="e3" source="n1" target="n0">
<data key="labelE">edge</data>
<data key="EdgeName">Edge from Blow:1 to Div:101</data>
<data key="length">0</data>
<data key="sourceport"></data>
<data key="targetport"></data>
</edge>
<edge id="e4" source="n2" target="n7">
<data key="labelE">edge</data>
<data key="EdgeName">Edge from Div:201 to Sta:20</data>
<data key="length">80</data>
<data key="sourceport">0</data>
<data key="targetport"></data>
</edge>
<edge id="e5" source="n2" target="n8">
<data key="labelE">edge</data>
<data key="EdgeName">Edge from Div:201 to Sta:21</data>
<data key="length">80</data>
<data key="sourceport">1</data>
<data key="targetport"></data>
</edge>
<edge id="e6" source="n2" target="n6">
<data key="labelE">edge</data>
<data key="EdgeName">Edge from Div:201 to IZ:1002</data>
<data key="length">20</data>
<data key="sourceport">3</data>
<data key="targetport"></data>
</edge>
<edge id="e7" source="n3" target="n2">
<data key="labelE">edge</data>
<data key="EdgeName">Edge from Blow:2 to Div:201</data>
<data key="length">0</data>
<data key="sourceport"></data>
<data key="targetport"></data>
</edge>
</graph>
</graphml>下面是我使用Boost图形库中的C++ write_graphml()函数时显示的相同数据：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.0/graphml.xsd">
<key id="key0" for="edge" attr.name="EdgeName" attr.type="string" />
<key id="key1" for="node" attr.name="UnitName" attr.type="string" />
<key id="key2" for="node" attr.name="id" attr.type="int" />
<key id="key3" for="edge" attr.name="length" attr.type="long" />
<key id="key4" for="edge" attr.name="sourceport" attr.type="string" />
<key id="key5" for="edge" attr.name="targetport" attr.type="string" />
<graph id="G" edgedefault="directed" parse.nodeids="free" parse.edgeids="canonical" parse.order="nodesfirst">
<node id="n0">
<data key="key1">Div:101</data>
<data key="key2">101</data>
</node>
<node id="n1">
<data key="key1">Blow:1</data>
<data key="key2">1</data>
</node>
<node id="n2">
<data key="key1">Sta:20</data>
<data key="key2">20</data>
</node>
<node id="n3">
<data key="key1">Div:201</data>
<data key="key2">201</data>
</node>
<node id="n4">
<data key="key1">Sta:21</data>
<data key="key2">21</data>
</node>
<node id="n5">
<data key="key1">Zn:1====Zn:2:1002</data>
<data key="key2">1002</data>
</node>
<node id="n6">
<data key="key1">Sta:10 Sta10</data>
<data key="key2">10</data>
</node>
<node id="n7">
<data key="key1">Sta:11 Sta11</data>
<data key="key2">11</data>
</node>
<node id="n8">
<data key="key1">Blow:2</data>
<data key="key2">2</data>
</node>
<edge id="e0" source="n0" target="n6">
<data key="key0">Edge from Div:101 to Sta:10 Sta10</data>
<data key="key3">80</data>
<data key="key4">0</data>
<data key="key5"></data>
</edge>
<edge id="e1" source="n0" target="n7">
<data key="key0">Edge from Div:101 to Sta:11 Sta11</data>
<data key="key3">80</data>
<data key="key4">1</data>
<data key="key5"></data>
</edge>
<edge id="e2" source="n0" target="n5">
<data key="key0">Edge from Div:101 to Zn:1====Zn:2:1002</data>
<data key="key3">20</data>
<data key="key4">3</data>
<data key="key5"></data>
</edge>
<edge id="e3" source="n1" target="n0">
<data key="key0">Edge from Blow:1 to Div:101</data>
<data key="key3">0</data>
<data key="key4"></data>
<data key="key5"></data>
</edge>
<edge id="e4" source="n3" target="n2">
<data key="key0">Edge from Div:201 to Sta:20</data>
<data key="key3">80</data>
<data key="key4">0</data>
<data key="key5"></data>
</edge>
<edge id="e5" source="n3" target="n4">
<data key="key0">Edge from Div:201 to Sta:21</data>
<data key="key3">80</data>
<data key="key4">1</data>
<data key="key5"></data>
</edge>
<edge id="e6" source="n3" target="n5">
<data key="key0">Edge from Div:201 to Zn:1====Zn:2:1002</data>
<data key="key3">20</data>
<data key="key4">3</data>
<data key="key5"></data>
</edge>
<edge id="e7" source="n8" target="n3">
<data key="key0">Edge from Blow:2 to Div:201</data>
<data key="key3">0</data>
<data key="key4"></data>
<data key="key5"></data>
</edge>
</graph>
</graphml>我们在两个应用程序之间有冲突。Boost应用程序最初导出GraphML。另一个应用程序使用JanusGraph/Gremlin/Tinkerpop加载GraphML作为输入并创建图形。尽管GraphML在语法上是正确的，但JanusGraph/Tinkerpop在读取GraphML时会抛出异常：
java.lang.IllegalArgumentException: Name cannot be in protected namespace: edge
at org.janusgraph.graphdb.types.system.SystemTypeManager.isNotSystemName(SystemTypeManager.java:72)
at org.janusgraph.graphdb.types.StandardRelationTypeMaker.name(StandardRelationTypeMaker.java:188)
at org.janusgraph.graphdb.types.StandardRelationTypeMaker.<init>(StandardRelationTypeMaker.java:57)
at org.janusgraph.graphdb.types.StandardEdgeLabelMaker.<init>(StandardEdgeLabelMaker.java:42)
at org.janusgraph.graphdb.transaction.StandardJanusGraphTx.makeEdgeLabel(StandardJanusGraphTx.java:980)
at org.janusgraph.graphdb.transaction.StandardJanusGraphTx.getOrCreateEdgeLabel(StandardJanusGraphTx.java:965)
at org.janusgraph.graphdb.vertices.AbstractVertex.addEdge(AbstractVertex.java:163)
at org.janusgraph.graphdb.vertices.AbstractVertex.addEdge(AbstractVertex.java:37)
at org.apache.tinkerpop.gremlin.structure.io.graphml.GraphMLReader.readGraph(GraphMLReader.java:191)我发现我可以通过编辑GraphML，在key0上执行全局搜索/替换，并用labelE替换它来解决这个问题。我不完全确定为什么这样做是可行的，很明显，我试图避免这一步，所以我们的第一个想法是获得Boost，将该字段导出为“labelE”而不是“key0”。
需要注意的是，如果我使用的是内存中的Tinkergraph，那么Tinkerpop会很好地加载原始的GraphML。只有当我使用JanusGraph作为底层DB时，才会发生异常。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-04-10 03:49:57
我正在寻找一种方法来配置Boost，以产生与
/Tinkerpop产生的输出相似或相同的输出，如下面的第一个示例所示。我想消除“key0-N”的间接性。
你把自己搞糊涂了。TinkerPop输出具有完全相同的间接性。唯一的区别是TinkerPop确定它知道节点和边缘数据键的is是相同的。
读取XML的工具没有任何区别。
事实上，即使是以下内容也是等效的：
<graphml>
<key id="UnitName" for="node" attr.name="UnitName" attr.type="string" />
<key id="labelV" for="node" attr.name="labelV" attr.type="string" />
<graph id="G" edgedefault="directed">
<node id="n0">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Div:101</data>
</node>
<node id="n1">
<data key="labelV">vertex</data>
<data key="UnitName">Blow:1</data>
</node>
</graph>
</graphml>与以下内容没有区别：
<graphml>
<key id="labelV" for="node" attr.name="UnitName" attr.type="string" />
<key id="UnitName" for="node" attr.name="labelV" attr.type="string" />
<graph id="G" edgedefault="directed">
<node id="n0">
<data key="UnitName">vertex</data>
<data key="labelV">Div:101</data>
</node>
<node id="n1">
<data key="UnitName">vertex</data>
<data key="labelV">Blow:1</data>
</node>
</graph>
</graphml>是的，人类阅读XML可能会让人感到困惑，但人类不会阅读XML。
你真的要问问自己，为什么这些被指定为与无关的细节对你来说很重要。最有可能的是，事实并非如此。
当然，如果读取XML的工具是基于错误的假设进行编程的，那么您可能会陷入困境。“有一个bug")。我建议先解决这个问题。
否则，您可以尝试破解GraphML编写器，使其不使用自动生成的密钥ids。这不会太难，但它确实会带来麻烦(例如，当边/节点属性之间有一个name类时)。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/49740173
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