如何分析两个以上的前后分组？

Question

我有3个分析组，共200个基因表达，分析前(16个样本)，一个月(16个样本)和分析后两个月(9个样本)。如何在R中分析这些数据？

这是我的数据示意图。

data = matrix(Group = c("AFT-1" , "AFT-2","BEF","AFT-1" , "AFT-2","BEF"),
Sample_code = c(10,10,10,11, 11, 11),
Sex = c("F","F","M","F","M",F),
GENE_a = C(22.88006 , 23.46812,24.23213,24.10917,24.55109),
GENE_b= c(23.24577, 23.08145,23.19317,NaN,NaN),
GENE_c=c(20.00031, 19.57906,20.27364,19.73243,NaN))

Answer 1

使用混合效应模型可以更好地处理这种类型的重复测量实验。为了在R中做到这一点，我使用nlme库来执行这种类型的分析。

该软件包的作者还撰写了教科书，Pinheiro，J.C.和Bates，D.M. (2000)“S和S-PLUS中的混合效果模型”，Springer。

本文详细解释了如何将这些模型应用于您正在描述的实验数据集的类型，以及如何解释包中函数返回的输出。

请注意，S语言是R的前身，因此本书中使用的编程语法适用于R编程。