如何在visreg中更改交互图的颜色和线型

Question

我对R比较陌生，我正在使用visreg包来绘制交互。我不知道如何使用输出图，它默认是在x2的第10、50和90个分位数处绘制y上x1的关系，并将颜色更改为灰度，将这三条线更改为三种不同的线型(虚线、实线、双划线等)。

下面是我的代码：

    interaction <- lm(Y ~ X1 * X2, data=df)

    visreg(interaction,"X1", by="X2", 
    overlay = TRUE, partial = FALSE, rug = FALSE) 

下面是图中所示：

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谢谢你的帮助。

N

Answer 1

您可以将fill和line参数添加到visreg以更改颜色和线型。这些选项在帮助中似乎没有很好的文档记录，但是visreg vignette有一个示例(向下滚动到“点、线和带的外观”)。下面是一个使用内置mtcars数据框架的示例。

library(visreg)

interaction <- lm(mpg ~  hp*wt , data=mtcars)

visreg(interaction,"hp", by="wt", 
       fill=list(col=grey(c(0.2,0.5,0.8), alpha=0.4)),
       line=list(lty=1:3, col="black"),
       overlay = TRUE, partial = FALSE, rug = FALSE)

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作为另一种选择，您可以获取visreg返回的数据，并使用它来创建符合您的规范的ggplot。

首先，我们创建一个visreg图，并将其分配给一个名为p的对象。plot=FALSE会阻止绘制绘图。p包含visreg以不可见方式返回的信息列表。其中一个称为fit的元素包含了绘图所需的fit信息，因此我们将在ggplot中使用它。

与visreg图相比，我更喜欢这一点，因为(1)这些线都可以绘制在置信区间的顶部，这样它们就不会被置信区间所遮挡，(2)您可以在置信区间中添加一个微妙的边界，使它们更容易区分。我也更喜欢ggplot的传说。

我应该指出的是，您可以直接从数据和模型对象创建ggplot交互图，而不使用visreg，但是visreg返回了我们需要的所有信息，而不需要进行任何额外的编码。

library(ggplot2)

p = visreg(interaction,"hp", by="wt",
           overlay = TRUE, partial = FALSE, rug = FALSE,
           plot=FALSE)

ggplot(p$fit, aes(hp, visregFit, linetype=factor(wt), fill=factor(wt))) +
  geom_ribbon(aes(ymin=visregLwr, ymax=visregUpr), alpha=0.5, 
              colour="grey50", linetype=1, size=0.2) +
  geom_line() +
  scale_fill_grey(start=0.5, end=0.8) +
  labs(linetype="Weight", fill="Weight")

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