如何在slurm的数组作业中指定每个进程的内存？

Question

我想用不同的随机种子运行数千个相同的单线程模拟(我将其传递给我的程序)。其中一些已经耗尽内存，但我不知道为什么。我以sbatch --array=0-999%100 --mem=200M run_batch_job的身份调用run_batch_job，其中run_batch_job包含：

#!/bin/env bash
#SBATCH --ntasks=1  # Number of cores
#SBATCH --nodes=1  # All cores on one machine

srun my_program.out $SLURM_ARRAY_TASK_ID

对于单个线程，200M应该超过了足够的内存，但是对于一些模拟，我得到了错误：

slurmstepd: error: Exceeded step memory limit at some point.
slurmstepd: error: Exceeded job memory limit at some point.
srun: error: cluster-cn002: task 0: Out Of Memory
slurmstepd: error: Exceeded job memory limit at some point.

我是给一千个线程中的每一个分配了200M，还是我做错了什么？

编辑:我尝试指定--cpus-per-task=1和--mem-per-cpu=200M，而不是指定--ntasks=1、--nodes=1和--mem=200M，结果相同。

Answer 1

您的提交是正确的，但200M可能较低，这取决于您使用的库或您阅读的文件。请求至少2G，因为几乎所有集群的每个核心至少有2 2GB的内存。