未定义pydicom

Question

我正在尝试学习如何使用pydicom来读取和处理dicom图像。我使用的是Python 3。

import dicom 
import numpy
ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])
print(ds.pixel_array)`

我得到一个错误的NameError: name 'pydicom' is not defined。如果我改变了

   ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])

至

   ds = dicom.read_file(lstFilesDCM[0])

(改为使用dicom.read_file )，我得到以下错误：

NotImplementedError: Pixel Data is compressed in a format 
pydicom does not yet handle. Cannot return array

我还验证了pydicom是否正确安装和更新。

我该如何解决这个问题？

Answer 1

您正在尝试调用以前未导入的类：

使用：

import pydicom
import numpy


ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])
print(ds.pixel_array)

或

import dicom
ds = dicom.read_file("the_name_of_file.dcm")

文档：http://pydicom.readthedocs.io/en/stable/pydicom_user_guide.html

Answer 2

如果您想获得像素数据，我建议使用ImageMagick套件中的convert程序。您可以使用subprocess模块从Python调用此程序。(参见下面的example，我在这里将它们转换为JPEG格式)，或者您也可以使用Python bindings之一。

如果您想要操作图像，使用绑定可能更好。但请注意，并不是所有的绑定都转换为ImageMagick版本7。