用于Rmarkdown文件的条件渲染的Makefile

Question

我是一个Makefile新手，我想用它来渲染Rmarkdown文件，当他们改变了时间戳，以产生相应的.pdf文件。将文件data_prep_1.Rmd呈现为.pdf，并另外生成输出文件all_sample_data.csv。当data_prep_1.Rmd被更改(或其时间戳被更改)时，应该重新呈现它，就像../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd和distance_matrices.Rmd一样，因为它们依赖于.csv文件。如果../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd的时间戳相对于其.pdf发生更改，则只应重新呈现此.Rmd文件。

将all :和.pdf和.csv文件放在第一行将导致这两个块在每次调用make时都运行。

我有：

../../data/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
    Rscript -e "rmarkdown::render('data_prep_1.Rmd')"
    Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"
    Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf :  ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd
    Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"

如果我执行touch data_prep_1.Rmd，然后执行make，那么第一个块就会按预期运行。

但是如果我做了touch ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd，那么make

我得到了make: '../../data/all_sample_data.csv is up to date'。

我知道这是对Makefile的笨拙使用，但是我如何在一个Makefile中获得我想要的行为呢？

Answer 1

上面的注释令人困惑，但隐藏了答案。

当make运行时，它不会尝试在makefile中构建每个单独的目标。相反，它只尝试在makefile中构建第一个目标。在您的makefile中，第一个目标是../../data/all_sample_data.csv，因此这是make将尝试构建的唯一目标。

您可以通过将其他目标添加到命令行来使用它来构建其他目标；例如make ../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf。

如果您总是想要一组特定的目标，那么您要做的就是创建一个新目标作为makefile中的第一个目标，它列出了您想要创建的所有其他目标作为先决条件。按照惯例，但仅限于惯例，该目标通常称为all。所以它看起来像这样：

all: ../../data/all_sample_data.csv ../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf
.PHONY: all

../../data/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('data_prep_1.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf :  ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"

.PHONY不是必需的，但它很有用，它告诉make all不是一个真正的文件，而只是makefile中的一个虚拟目标。

您还应该考虑创建一些make变量并使用automatic variables来简化您的makefile，例如：

BIODIR := ../bioinformatics
DATADIR := ../../data

all: $(DATADIR)/all_sample_data.csv $(BIODIR)/Reads_by_sample.pdf
.PHONY: all

$(DATADIR)/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('$<')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('$(BIODIR)/Reads_by_sample.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

$(BIODIR)/Reads_by_sample.pdf :  $(BIODIR)/Reads_by_sample.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('$<')"

如果你有很多这样的文件，你可以更进一步，使用模式规则等等。

而且，您的第一个目标似乎不仅应该依赖于data_prep_1.Rmd，还应该依赖于distance_matrices.Rmd和Reads_by_sample.Rmd；如果这些更改中的任何一个，您不想重新构建吗？