修复python / Bioinformatics中的代码

Question

我正在尝试修复下面的代码。

  from pylab import *
    protein = ''
    amino_acids = ['P', 'G', 'L', 'A']
    while ________:
        protein += choice(amino_acids)

    if len(protein) == 1000:
        print(protein)

我想得到的结果是一个长度为1000的随机蛋白质，由四个给定的氨基酸(P，G，L和A)组成。怎么啦？

Answer 1

一种可能的解决方案(在其他解决方案中，可能更多的是pythonic)是

from pylab import *
protein = ''
amino_acids = ['P', 'G', 'L', 'A']
while len(protein) <= 1000:
    protein = protein + choice(amino_acids)

print(protein)

在这里，您将创建一个空字符串protein。while循环从amino_acids开始并附加一个随机元素，直到字符串长度达到1000。

一行代码应该是

proteins = ''.join([choice(amino_acids) for x in range(1000)])

这里，使用所谓的list comprehension从amino_acids生成1000个选项。这1000个元素以列表的形式存储。应用join会将元素缩写为单个字符串。

请注意，''意味着我们不需要在氨基酸之间使用分隔符。例如，使用'-'将导致类似如下的结果

L-A-P-G-L-...

Answer 2

另一种方法是生成一个随机数列表，然后使用for循环遍历随机数列表并附加到蛋白质字符串上。

import random
rand_num=[]
protein=''
amino=['P', 'G', 'L', 'A']

for i in range(1000):
    x=ranom.randint(0,(len(amino)-1))
    rand_num.append(x)

for index in rand_num:
    protein+=amino[index]

Answer 3

为什么不是这个呢？

import random

amino_acids = ['P', 'G', 'L', 'A']
N = 10  # should be 1000 in your case
protein = ''.join( aa for aa in random.choices(amino_acids, k=N) )

如上所述，蛋白质可以是'PLLGAPAPGA‘。