在MATLAB中将DNA转换为2位二进制表示

Question

我想把一个给定的序列转换成符合以下规则的2位二进制序列：A = 00，C = 01，T = 10，G = 11。我写了以下代码。

str = 'ATTCGA';
[~,idx]= ismember(upper(str),'ATCG');
C= {'00', '10', '01', '11'};
z= [c{idx}]-'0';
R = 0.992;
theta = (2*pi)/3;
b = [1 0 -1];
a = [1 -2*R*cos(theta) R^2];
u = filter(b,a,z);
Y = abs(u).^2; 
plot(Y/max(Y)); 
axis([0 8000 0 1.05]);

但问题是，代码是每个单元生成一个位，而我需要每个单元2个位：

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Answer 1

你做得很好，你只是在以错误的方式进行索引/连接：

str     = 'ATTCGA';
[~,idx] = ismember(upper(str),'ATCG');
dna_map = {'00', '10', '01', '11'};

% Index with parentheses instead of braces, and don't concatenate
dna_bin = dna_map(idx)

这将为您提供相应的cell-array：

dna_bin = 
    '00'    '10'    '10'    '01'    '11'    '00'

但是，不确定您想要如何处理剩下的步骤...