R中的TukeyHSD或glht，ANCOVA

Question

我想知道我是否可以使用函数"TukeyHSD“来执行具有一个因素(例如，组)和一个连续协变量(例如，年龄)的"aov()”模型的所有成对比较。例如，我这样做了：

library(multcomp)
data('litter', package = 'multcomp')
litter.aov <- aov(weight ~ gesttime + dose, data = litter)
TukeyHSD(litter.aov, which = 'dose')

我得到这样一条警告消息: warning message: In replications(paste("~"，xx)，data = mf)：non-factor ignored: gesttime

上面的过程正确吗？警告消息的含义是什么？"TukeyHSD“是否适用于严重不平衡的设计？

另外，上面的流程和下面的流程有什么区别吗？

litter.mc <- glht(litter.aov, linfct = mcp(dose = 'Tukey'))
summary(litter.mc)

最好的，苏

Answer 1

这没什么区别。TukeyHSD()只是更热衷于告诉你一些潜在的问题。请注意，这是一条警告消息，而不是错误消息，这意味着结果可能不是您期望的结果，但仍然会返回这些结果，以便您可以自己判断。

至于它的意思，它的意思就是它所说的:忽略非因素变量。请记住，您是在比较组之间的差异，而分组是使用因子完成的，因此因子都是TukeyHSD()所关心的。在您的示例中，您显式地告诉函数只关心dose，这是一个因子，因此该警告可能被视为过于谨慎。

避免警告的一种方法是将gesttime转换为一个因子，由于它只包含四个级别，因此这样做有一定的意义。

data('litter', package = 'multcomp')
litter$gesttime <- as.factor(litter$gesttime)
litter.aov <- aov(weight ~ gesttime + dose, data = litter)

TukeyHSD(litter.aov, which = 'dose')