Python中Meep中的Vector3

Question

我在我的简单python代码中得到了'module' object has no attribute 'Vector3'错误。

这是rightAngle.py文件

import meep as mp
import math

cell = mp.Vector3(16, 8, 0)
geometry = [mp.Bloack(mp.Vector3(1e20, 1, 1e20),
                      center = mp.Vector3(0, 0),
                      material = mp.Medium(epsilon = 12))]
sources = [mp.Source(mp.ContinuousSource(frequency = 0.15),
                     component = mp.Ez,
                     center = mp.Vector3(-7, 0))]
pml_layers = [mp.PML(1.0)]
resolution = 10

使用以下命令进行比较：

python rightAngle.py >& rightAngle.out

并获得以下输出：

Traceback (most recent call last):
  File "rightAngle.py", line 4, in <module>
    cell = mp.Vector3(16, 8, 0)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'Vector3'

我所要做的就是从这个相当可靠的source中复制和粘贴给定的代码，但在Vector3对象中遇到错误。

Python版本：

Python 2.7.12 (default, Nov 19 2016, 06:48:10) 
[GCC 5.4.0 20160609] on linux2

我不知道我错过了什么？

Meep文档：https://meep.readthedocs.io/en/latest/Python_Tutorials/Basics/

Answer 1

当尝试在Ubuntu 16.04上使用它时也遇到了同样的问题。

对我来说起作用的是为Python2.7安装Anaconda并使用以下命令创建their recommended environment：

conda create -n mp -c chogan -c defaults -c conda-forge pymeep

在那之后就没有Vector3问题了。

Answer 2

我的环境脚本在下面，但我不会在这里详细介绍。我的计划是基于我当前的工作设置创建一个git存储库，并将其在Github上公开，这将迫使我组织整个设置，并使其对其他人有用。

下面的脚本允许我在没有Anaconda3的情况下使用python3运行Meep。这样你就可以使用最新的包和git源码来构建Meep、Open MPI和支持库。我的主目录被替换为

    #!/bin/bash

export MPI_PROJ=/home/<USER>/projects/mpi

export MPI_BASE=/usr/local/mpi/openmpi/base

export MPI_411=$MPI_BASE/411

# 
# CRITICAL ENVARS - THESE MUST BE SET AS FOLLOWS FOR THE EXISTING MEEP, MPB AND OPENMPI 4.1.1
# 
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/mpi/meep/latest/lib:/usr/local/mpi/openmpi/base/411/bin:/home/fraser/.local/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/opt/bin:/bin:/sbin:/home/fraser/projects/mpi/bin" 

export CFLAGS="-I/usr/local/mpi/meep/latest/include  -I/usr/local/mpi/mpb/latest/include -I/usr/include/python3.8"

export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/mpi/meep/latest/lib/pkgconfig:/usr/local/mpi/openmpi/base/411/lib/pkgconfig:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig:/usr/local/mpi/meep/latest/lib/pkgconfig"

export LDFLAGS="-L/usr/local/mpi/openmpi/base/411/lib  -L/usr/local/mpi/meep/latest/lib -lmpi -lmpb"

export PYTHONPATH="/home/fraser/.local/lib/python3.8/site-packages:/usr/lib/python3.8:/usr/local/mpi/meep/latest/lib/python3.8/site-packages:/usr/local/lib/python3.8/dist-packages"

export PATH=/home/fraser/projects/mpi/bin:/usr/local/mpi/meep/latest/bin:/usr/local/mpi/openmpi/base/411/bin:/home/fraser/.local/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/opt/bin:/bin:/sbin

为了在3台真实机器和2台虚拟机上运行，Open MPI 4.1.1已经构建了很多次。最后，所有3个Centos 8 Stream安装都一起完美地运行了mpi。两台ubuntu 21机器(一台real，一台vm)能够一起完美地运行mpi。Centos 8机器可以与Ubuntu 21机器对话。由于glibc版本差异，我无法在Ubuntu 21和Centos 8 Stream之间复制mpi安装。

然后转到Meep，它需要“从源代码构建Meep”文档页面中列出的所有库。其中一些无法从Mint 20代码库中获得，必须从源代码构建。创建了构建脚本，以便为每个脚本运行配置，以便记录所使用的选项。

Meep需要特定版本的harminv，fftw3，guile，swig，hdf5。其他库是使用apt从mint20包存储库中安装的。

Meep也被多次构建，因为我的环境是为了正确地从/usr/local以外的位置运行Meep。要使上述环境变量足够接近，需要进行一些修补工作。他们可能需要一些调整，以达到您的目的。

一个中间更新--我能够在CentOS8流上复制我在Mint20 Linux上的成功。我将把所有的工作部分收集到一个git repo中，并记录那些似乎没有人在StackOverflow上发布的小细节，甚至是Github的问题！例如，在swig git克隆中运行自动生成之前导出PY3=1。否则它想要使用python 2！

另一个问题是:例如，将克隆保存为git-meep。然后复制到meep。然后在meep上工作。如果您使用configure/make/make test/make install超过5次，或者没有注意到任何代码或环境更改，请删除meep树。确保在删除之前保存所有环境设置或配置运行脚本。

在运行任何环境设置脚本之前，将git-meep复制到meep并再次运行autogen.sh。然后运行这些脚本，然后运行任何运行configure和/或make的脚本。

我的configure脚本严格运行configure。然后，我手动运行make/make check/make install，以防构建失败。

还有更多奇怪的事情要做，才能让它工作。

当github存储库在线时，将在此处发布。