在cron下未调用.Rprofile

Question

我在云上运行Ubuntu 16.04.3 LTS。当我使用Rscript从命令行运行程序时，一切都按预期进行。但是，当我通过cron使用Rscript运行相同的程序时，似乎没有调用我的.Rprofile文件。我已经写了一个小程序来演示这个问题：

test_cron = function() {
    #The next 3 lines are base R.
    sink('~/test_cron.out')
    on.exit(sink())
    cat('The date and time are:', as.character(Sys.time()), '\n')
    #Now try to access a personal option, set by .Rprofile.
    root = getOption('root')
    cat('Option root:', root, '\n')
}
test_cron()

我从命令行使用以下命令运行此命令：

Rscript test_cron.r

cron_test.out文件包含以下内容：

The date and time are: 2017-11-14 06:15:46
Option root: /home/ubuntu/_algi/

crontab中的相关行如下：

20 6 * * * /usr/bin/Rscript ~/test_cron.r

当它由cron运行时，cron_test.out包含以下内容：

The date and time are: 2017-11-14 06:20:01
Option root:

显然，当该程序由cron运行时，无法访问我的个人选项“root”。这是我做过的一系列实验中的一个，这些实验让我相信.Rprofile不是在cron下调用的。有什么办法可以解决这个问题吗？

注意: R_PROFILE_USER环境变量被设置为指向我的.Rprofile文件。显然，cron下的Rscript忽略了它。

Answer 1

默认情况下，R按特定顺序在以下三个位置查找并运行.Rprofile文件：

主工作目录:R为installed

• HOME:用户的主目录

• R的当前工作目录

的目录

您当前项目/wd中的.Rprofile将覆盖HOME中的.Rprofile，HOME中的R_HOME和.Rprofile将覆盖R_HOME。

因此，要创建特定于项目的启动脚本，只需在项目的根目录中创建一个.Rprofile文件。

在您的例子中，当通过cron启动脚本时，R使用不同的.Rprofile文件，而不是从命令行启动脚本。

Answer 2

它表明cron不会加载用户的环境。这造成了无尽的困惑和痛苦，没有普遍接受的解决方案。例如，请参见

https://serverfault.com/questions/673480/load-users-environment-variables-in-a-cronjob
https://stackoverflow.com/questions/15557777/cron-job-does-not-get-the-environment-variables-set-in-bashrc
https://stackoverflow.com/questions/2229825/where-can-i-set-environment-variables-that-crontab-will-use
https://unix.stackexchange.com/questions/27289/how-can-i-run-a-cron-command-with-existing-environmental-variables

一个密切相关的问题是，.bashrc只能在交互式外壳中运行：：

https://unix.stackexchange.com/questions/257571/why-does-bashrc-check-whether-the-current-shell-is-interactive

我的解决方案是编写一个shell脚本，在其中设置必要的环境变量，然后运行我的程序：

#!/bin/bash
export CODE_HOME='/home/ubuntu/'
export OS='Ubuntu'
export R_PROFILE_USER=~/R/.Rprofile
/usr/bin/Rscript ~/test_cron.r

在使脚本成为可执行文件之后，它将在crontab下成功运行。