R中的错误:保存和加载模型需要h5py Python包

Question

我使用的是R 3.4.2。我正在遵循decryptr package的示例

library(decryptr)

# Download captchas
captcha <- download_tjmg(dest = 'img')
keras_tjmg <- decryptrModels::read_model('tjmg')

最后一行代码产生错误

Error in keras::load_model_hdf5(file_path) : 
  The h5py Python package is required to save and load models

我已经尝试从终端重新安装h5py包。我还安装了keras包。我可以在pyrthon中导入h5py包，但Rstudio不知何故无法识别它。

Answer 1

我以前从来没有安装过这些包，但是我按照下面的步骤进行并成功了！它也花了一些时间，因为除了您报告的错误之外，它还给了我各种错误。

最后，我想到了这个:在终端中，

pip uninstall h5py
pip install h5py
pip uninstall keras
pip install keras

我在Python中检查了import h5py是否运行正确(第一次，它给了我一个DLL失败)。然后在R中，在重启之后，

install.packages("reticulate")
install.packages("tensorflow")
install.packages("keras")
install.packages("h5py")
devtools::install_github("decryptr/decryptr")
devtools::install_github("decryptr/decryptrModels")

library(keras)
install_keras()

# Check where Python's looked for
reticulate::py_config() 

library(decryptr)
library(decryptrModels)

captcha <- captcha_download_tjmg(dest = 'img')
keras_tjmg <- read_model('tjmg')

我的sessionInfo()如下：

R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
other attached packages:
[1] decryptrModels_0.0.0.9000 decryptr_0.0.1.9000      
[3] keras_2.0.8.9001         
loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.13          prettyunits_1.0.2     assertthat_0.2.0     
 [4] R6_2.2.2              jsonlite_1.5          magrittr_1.5         
 [7] httr_1.3.1            tfruns_1.0            rlang_0.1.2          
[10] progress_1.1.2        curl_2.8.1            whisker_0.3-2        
[13] reticulate_1.2.0.9005 tools_3.4.1           purrr_0.2.3          
[16] compiler_3.4.1        base64enc_0.1-3       tensorflow_1.4.0.9003

如果成功了，请让我知道。

Answer 2

尽管我的回复晚了几年，但我可以通过安装libpython-dev来修复Ubuntu 18.04中的问题。reticulate似乎需要这个库来支持R中的Keras/Tensorflow：

sudo apt-获取更新-qq

sudo apt-get install -qq -y --no--推荐libpython-dev