brms模型不收敛

Question

我有这个brms模型

library(brms)
library(dplyr)
x = rep( c(-20:20,-20:20), 5)
y = c(x[1:41]^2, (x[42:82]+5)^2)
group = c(rep("A",41), rep("B",41) )
data = data.frame( x= x, y = y , group = group)
f = brm(y~ gp(x, cov ="exp_quad") +(1|group), data = data, control = list( adapt_delta = .95) )
f

而且模型也不符合。我得到了这个错误

Warning messages:
1: The model has not converged (some Rhats are > 1.1). Do not analyse the results! 
We recommend running more iterations and/or setting stronger priors. 
2: There were 1644 divergent transitions after warmup. Increasing adapt_delta above 0.95 may help.
See http://mc-stan.org/misc/warnings.html#divergent-transitions-after-warmup 

你知道怎么让它合身吗？

Answer 1

Brian很可能是正确的，您已经创建了一些没有任何方差的测试数据。例如，假设这是一个玩具数据集，而您正在使用真实的数据集，则需要按照警告消息中的说明进行操作。我会尝试使用我在这里所做的更改来调用brm：

f = brm(y~ gp(x, cov ="exp_quad") + (1|group), data = data, control = list( adapt_delta = .99), iter = 6000)

adapt_delta始终是一个介于0和1之间的值，所以如果您收到一条警告消息，要求您将其设置为大于0.99时，您可以尝试0.999。您没有在调用中指定迭代次数，所以它使用默认值，我相信是2000。我已经翻了三倍了。此外，如果您的计算机上有多个内核，则应该在调用中设置cores = 4，以便每个链都可以在其自己的内核上运行。