正在导出Cytoscape边缘表
正在导出Cytoscape边缘表
提问于 2017-09-01 15:43:20
我是Cytoscape的新手，有一个很容易解决的问题。我正在使用Cytoscape的拖放功能来构建网络(我基本上是将昆虫踪迹网络的照片转换为Cytoscape表示-这使得构建网络变得更容易)。问题是，我需要将边表从Cytoscape导出到R中，以便进一步分析。Cytoscape导出一个.csv文件，该文件包含如下所示的列：
"Node 5(无定向) Node 2“<-全部包含在单个列中
我需要的是一个包含邻接矩阵或边列表的.csv文件(其中边表示为成对的节点，每个节点在其自己的列中)。有什么简单的方法可以做到这一点吗？提前谢谢你！
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-09-07 23:20:01
有几种解决方案：
http://apps.cytoscape.org/apps/adjexporter允许您将网络导出为形容词矩阵
您可以使用CyREST接口从R直接连接到Cytoscape：http://apps.cytoscape.org/apps/cyrest
您可以使用制表符替换所有(非定向)术语
希望这能帮上忙，Piet
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/45995452
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