使用Python在mRNA序列中查找ATG

Question

我对python一无所知，我试图从不同的线程拼凑信息来完成一项任务，但我仍然无法破解它。

下面是作业：

说明a)下载RAI1 mRNA NM_030665的序列，使用Python统计ATG子序列的个数，具体步骤如下：

countATG = seq.count('ATG'). 

例如，对于SREBF1 NM_001005291.2，答案是45。

我不是在寻找问题的答案。我真的很想了解更多关于python的知识，如果有人能告诉我如何完成这个问题，我会非常感激。我已经将序列作为.txt文件保存到我的桌面上，但是我不知道如何指定seq1应该等于数据文件(如果这有意义的话)。是的，我可以在NCBI上使用Ctrl+F，但我想学习如何使用python。

谢谢你！！

Answer 1

这就是了：

filepath = '/path/to/file.txt'

with open(filepath) as infile:
    seq = infile.readlines()

# This will bring in the sequence, but if its split up on multiple lines
# (like if its cut off at every 50 bp), then you'll want to piece it back
# together, so you don't miss any ATG's.

seq = ''.join([line.strip() for line in seq.split()])

ATG_count = seq.count('ATG')

print(ATG_count)