运行多个可执行文件的MPI通信

Question

我正在实现一个应该运行主从算法的程序，主从作业将由执行参数决定。例如：

mpirun -oversubscribe -tag-output -np 1 BioNetFit2 -a load -c parabolaA_272002678.sconf : -oversubscribe -tag-output -np 4 BioNetFit2 -t particle -p 0 -a run -c parabolaA_272002678.sconf

在这种情况下，主服务器将运行以下部分：./BioNetFit2 -a load -c parabolaA_272002678.sconf

从机将执行这一部分：./BioNetFit2 -t particle -p 0 -a run -c parabolaA_272002678.sconf

这就是我初始化通信世界的方式：

   cout << "Detected BNF2mpi in Pheromones init()" << endl;
    MPI_Init(NULL, NULL);
    // Get the number of processes
    int world_size;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
    cout << "Defined mpi environment" << endl;
    // Get the rank of the process
    int world_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
    cout << "My rank is " << world_rank << "and I have just started." << endl;

我的问题是，主机发送一条消息，从机永远不会收到它，反之亦然。

所有的源代码都可以在这里找到：https://github.com/raqueldias/testing_rep这是一个很大的程序，它是由另一个人首先在boost-MPI中实现的，我的工作是将分布式消息传递函数从boost-MPI转换为MPI。

我的第一个非常基本的问题是:如果我将程序分成两部分运行，默认情况下进程是否能够正常通信，或者我必须指定任何不同的配置才能使它们通信？

Answer 1

事实证明，进程挂起的问题与多个程序或多个实例的执行无关。

我误解了MPI_Iprobe的工作方式。这是我之前实现它的方式：

while (1) {
            //std::cout << "rcv loop" << std::endl;
            serializedMessage.resize(1000);
            usleep(10000);
            MPI_Status status;
            int flag = 0;

            while(!flag){
                    MPI_Iprobe(MPI_ANY_SOURCE, MPI_ANY_TAG, MPI_COMM_WORLD, &flag, &status);
            }
if (flag) {
         //receive code here
           }

} ...

这会使进程挂起。使程序正常工作的正确实现是：

    while (1) {
                //std::cout << "rcv loop" << std::endl;
                serializedMessage.resize(1000);
                usleep(10000);
                MPI_Status status;
                int flag = 0;

                MPI_Iprobe(MPI_ANY_SOURCE, MPI_ANY_TAG, MPI_COMM_WORLD, &flag, &status);

                if (flag==1) {
                  //do something here
    }

}