图形工具GraphML对彩色顶点的支持？

Question

我正在尝试使用图形工具来绘制一个带有彩色顶点的网络图。我正在尝试绘制下面来自here的graphML文件，如下所示。

但是，颜色不会通过以下代码显示：

g = Graph()
g= load_graph("filename.graphml", fmt="graphml")
graph_draw(g)

图形会渲染，但顶点上没有颜色，只有默认的红色。我还以为graphML是完全支持的呢？

Graph-tool docs声明：“唯一能够完美地保留内部属性映射的文件格式是”gt“和”graphml“。正因为如此，只要有可能，它们应该优先于其他格式。”

颜色不是一种内在属性吗？

实际上，我是用DOT绘制的。我有一个颜色数组，它的索引取决于节点的名称-节点是按升序排列的整数。然而，当我使用的时候：

for v in g.vertices():
    v_prop[v] = colourarray[vertex]

颜色与正确的节点不对应。这是因为load_graph似乎对哪些节点是哪些索引有自己的想法。有谁知道我在这里能做什么吗？

   <graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.0/graphml.xsd">
    <key id="d0" for="node" attr.name="color" attr.type="string">
    <default>yellow</default>
    </key>
    <key id="d1" for="edge" attr.name="weight" attr.type="double"/>
    <graph id="G" edgedefault="undirected">
    <node id="n0">
    <data key="d0">green</data>
    </node>
    <node id="n1"/>
    <node id="n2">
    <data key="d0">blue</data>
    </node>
    <node id="n3">
    <data key="d0">red</data>
    </node>
    <node id="n4"/>
    <node id="n5">
    <data key="d0">turquoise</data>
    </node>
    <edge id="e0" source="n0" target="n2">
    <data key="d1">1.0</data>
    </edge>
    <edge id="e1" source="n0" target="n1">
    <data key="d1">1.0</data>
    </edge>
    <edge id="e2" source="n1" target="n3">
    <data key="d1">2.0</data>
    </edge>
    <edge id="e3" source="n3" target="n2"/>
    <edge id="e4" source="n2" target="n4"/>
    <edge id="e5" source="n3" target="n5"/>
    <edge id="e6" source="n5" target="n4">
    <data key="d1">1.1</data>
    </edge>
    </graph>
    </graphml>

Answer 1

您将属性映射的存在与实际用于绘制的属性映射合并在一起。如果要使用属性映射，则必须显式执行此操作：

graph_draw(g, vertex_fill_color=g.vp.color)

请查看文档，其中包含许多此类示例。

存在于dot和graphml文件中的固有顶点“名称”被加载为内部属性映射。在点的情况下，属性映射命名为"vertex_name"：

g.vp.vertex_name

在graphml的情况下，如果顶点标签不是规范的(即从0到N-1的编号)，它被存储为"_graphml_vertex_id"：

g.vp._graphml_vertex_id