Matlab中的pdist函数

Question

我有一个N乘以2的矩阵，叫做r (N非常大)。R是2D中点的位置。我寻找了计算点之间距离的最佳优化方法。我发现，如果不尝试将其转换为方阵，dist函数在较少的时间内是最好的。我想知道我是不是该写

D= pdist(r, 'euclidean');

当我需要粒子i和j之间的距离时，使用D矢量找到它的最佳方法是什么？如果不使用if，我真的不会做任何事情。我知道我可以做到

if (i < j) 
    D((i–1)*(m–i/2)+j–i)
end

但由于N非常大，因此效率不高。有人能帮帮我吗？

Answer 1

我使用ii和jj作为行索引和列索引，进入大小为N的假设距离矩阵M = squareform(D)。结果是ind，这样D(ind)就等于M(ii,jj)。

t = sort([ii, jj]); % temporary variable
ii = t(2); % maximum of ii and jj
jj = t(1); % minimum of ii and jj
t = N-1:-1:1;
ind = sum(t(1:jj-1)) + ii - jj;