Biomart in R将rssnp转换为基因名称

Question

我在R中有以下代码。

library(biomaRt)

snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp")
snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start", 
"associated_gene", "ensembl_gene_stable_id", "minor_allele_freq")

getENSG <- function(rs, mart = snp_mart) {
results <- getBM(attributes = snp_attributes,
               filters    = "snp_filter", values = rs, mart = mart)
return(results)
}

getENSG("rs144864312")

    refsnp_id chr_name chrom_start associated_gene ensembl_gene_stable_id
1 rs144864312        8    20254959              NA        ENSG00000061337
    minor_allele_freq
1       0.000399361

我没有生物学背景，所以如果这是一个显而易见的问题，请原谅我。有人告诉我，rs144864312应该与基因名称"LZTS1“相匹配。上面的代码我主要是从互联网上得到的。我的问题是，我从哪里提取这个基因名称？我知道listAttributes(snp_mart)给出了所有可能输出的列表，但我没有看到任何输出给我上面的“基因名称”。我在哪里从生物艺术中提取这个基因名称(并给出rs编号)？提前谢谢你。

PS:我需要这样做，大约500个条目(而不仅仅是1个)。因此我创建了一个像上面这样的简单函数来提取基因名称。

Answer 1

首先，我认为你的问题会在https://www.biostars.org/上引起更多专业人士的关注

也就是说，据我所知，现在你有了集合ID (ENSG00000061337)，离获得基因名称只有一步之遥了。如果你用谷歌搜索"how to convert ensembl ID to gene name“，你会发现很多方法。这里我列出了一些选项：

在下使用：https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp

1. use biomart：http://www.ensembl.org/biomart/martview/1cb4c119ae91cb34b2cd5280be0a1aac
2. download一个同时包含基因名称和集合ID的表，并定制您的查询。你可能想要从UCSC Genome Browser下载它，下面是一些说明：https://www.biostars.org/p/92939/

祝好运