如何正确地将dicom图像转换为opencv

Question

我在将.dcm图像从dcmtk格式转换为opencv时遇到问题。我的代码：

DicomImage dcmImage(in_file.c_str());
int depth = dcmImage.getDepth();
std::cout << "bit-depth: " << depth << "\n";    //this outputs 10
Uint8* imgData = (uchar*)dcmImage.getOutputData(depth);
std::cout << "size: " << dcmImage.getOutputDataSize() << "\n";    //this outputs 226100
cv::Mat image(int(dcmImage.getWidth()), int(dcmImage.getHeight()), CV_32S, imgData);
std::cout << dcmImage.getWidth() << " " << dcmImage.getHeight() << "\n";  //this outputs 266 and 425

imshow("image view", image);  //this shows malformed image

所以我对CV_32S和getOutputData参数不是很确定。我应该把什么放在那里？也是226100/(266x425) == 2，所以它应该是像素前2个字节(?)

Answer 1

当getDepth()返回10时，这意味着每个像素有10位(很可能是灰度级)。

根据DICOM图像的像素表示(0x0028,0x0103)，必须为矩阵类型指定带符号或无符号的16位整数: CV_16UC2或CV_16SC2。

注意:由于只使用了2字节的10位，您可能会在高6位中发现垃圾，在将缓冲区传递到垫子之前应该将其屏蔽掉。

更新:关于您的评论和源代码的：

1. DicomImage::getInterData()::getPixelRepresentation()不返回在DICOM头中找到的像素表示，而是同时表示位深度和有符号/无符号的内部枚举。要获得标题中的值-使用DcmDataset或DcmFileFormat
2. I我不是openCV expert，但我认为您正在对无法正常工作的16位图像应用8位位掩码，位掩码应为(1 >> 11) -1\f25

-1

Answer 2

问题是您是否真的需要DicomImage::getOutputData()返回的渲染像素数据，还是需要来自DICOM图像的原始像素数据(另请参阅@kritzel_sw的答案)。使用getOutputData()时，您应该将请求的位深度作为参数传递(例如，每个样本8位)，而不是getDepth()返回的值。

在处理CT图像时，您可能希望使用Hounsfield单位(这是Modality LUT转换结果的有符号整数值)中的像素数据。