R着色包: forceNetwork() networkD3

Question

我真的喜欢这个网络的样子：

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​

来源：https://christophergandrud.github.io/networkD3/

每个扇区有多种颜色，其中每种颜色表示网络中与其他节点足够远的节点的某些不同部分。

但是，在任何一个特定的扇区中，我不喜欢src节点与target节点的颜色相同，因此我问了一个如何区分这两种颜色的问题(https://stackoverflow.com/a/35371131/3878253)。

现在，有没有一种方法可以扩展这段代码，以获得多颜色方案(以区分不同的扇区)，同时保留漂亮的src/target颜色差异？代码如下：

# Load package
library(networkD3)
library(dplyr) # to make the joins easier

# Create fake data
src <- c("A", "A", "A", "A",
         "B", "B", "C", "C", "D")
target <- c("B", "C", "D", "J",
            "E", "F", "G", "H", "I")
networkData <- data.frame(src, target, stringsAsFactors = FALSE)

nodes <- data.frame(name = unique(c(src, target)), stringsAsFactors = FALSE)
nodes$id <- 0:(nrow(nodes) - 1)


# create a data frame of the edges that uses id 0:9 instead of their names
edges <- networkData %>%
   left_join(nodes, by = c("src" = "name")) %>%
   select(-src) %>%
   rename(source = id) %>%
   left_join(nodes, by = c("target" = "name")) %>%
   select(-target) %>%
   rename(target = id)

edges$width <- 1

# make a grouping variable that will match to colours
nodes$group <- ifelse(nodes$name %in% src, "lions", "tigers")


ColourScale <- 'd3.scaleOrdinal()
            .domain(["lions", "tigers"])
           .range(["#FF6900", "#694489"]);'

forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
             Source = "source",
             Target = "target",
             NodeID ="name",
             Group = "group",
             Value = "width",
             opacity = 0.9,
             zoom = TRUE,
             colourScale = JS(ColourScale))

Answer 1

在重新阅读你的问题和回答后，我认为你真正想知道的是……如何将你的数据分组。定义集群后，可以将nodes数据框中每个节点的组值设置为其集群的名称/id，然后networkD3将对它们进行相应的着色。

再深入你的问题，并不是很清楚你想要如何同时组合“不同的颜色源和目标节点”和“颜色节点根据它们的集群”……这些目标显然是冲突的，因为集群同时包含源节点和目标节点。您的问题的另一个问题是，在这些类型的网络中，一个节点可能既是源节点又是目标节点，因此您必须更清楚地了解这些节点的颜色。我可以假设您将“目标”节点定义为仅链接到其他节点的节点(从技术上讲，节点是源节点还是目标节点取决于节点之间链接的方向)，但事实并非如此(我可以想象您可能会有其他解释)。

要进行集群，您需要查看igraph包及其众多集群函数。例如..。

使用networkD3中包含的Les Misérable数据，让我们回溯到只有一个包含源字符和目标字符的两列数据帧……

library(igraph)
library(networkD3)

data(MisLinks)
data(MisNodes)

lesmis <- data.frame(source = MisNodes$name[MisLinks$source + 1], 
                     target = MisNodes$name[MisLinks$target + 1],
                     stringsAsFactors = F)

现在，您可以使用igraph计算集群，然后在networkD3中将它们放回一起进行绘图……

lesmis <- graph_from_data_frame(lesmis)
wc <- cluster_walktrap(lesmis)
members <- membership(wc)

lesmis <- igraph_to_networkD3(lesmis, group = members)

forceNetwork(Links = lesmis$links, Nodes = lesmis$nodes, 
             Source = 'source', Target = 'target', 
             NodeID = 'name', Group = 'group', opacity = 1)

现在，如果您想让“目标”节点(那些只有一个链接的节点)也具有不同的颜色，您可以找出哪些节点在源和目标列表中只出现一次，并将它们在nodes数据框中的组值设置为某个唯一的值……

allnodes <- c(lesmis$links$source, lesmis$links$target)
targetids <- allnodes[!duplicated(allnodes) & ! duplicated(allnodes, fromLast = T)]
lesmis$nodes$group[targetids + 1] <- 'target'

forceNetwork(Links = lesmis$links, Nodes = lesmis$nodes, 
             Source = 'source', Target = 'target', 
             NodeID = 'name', Group = 'group', opacity = 1)

Answer 2

Nodes数据框中的group列决定了颜色。可以为每个节点设置group值(手动或以其他方式设置)，networkD3将根据调色板为每组节点上色。

例如..。

edges <- read.table(header = T, text = '
source target width
0      1     1
0      2     1
0      3     1
0      4     1
1      5     1
1      6     1
2      7     1
2      8     1
3      9     1
')

nodes <- read.table(header = T, text = '
name id  group
A    0   panther
B    1   leopard
C    2   tiger
D    3   lion
J    4   panthercub
E    5   leopardcub
F    6   leopardcub
G    7   tigercub
H    8   tigercub
I    9   lioncub
')

forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
             Source = "source",
             Target = "target",
             NodeID ="name",
             Group = "group",
             Value = "width",
             opacity = 0.9,
             zoom = TRUE,
             colourScale = JS("d3.scaleOrdinal(d3.schemeCategory10);"))