使用Python/Matlab在图像中人工合并非刚体运动以生成数据

Question

医学成像的主要挑战是数据采集。有不同类型的运动(刚性和非刚性)可能在默认(身体运动，呼吸等)。

假设我想要在图像中人工生成不同类型的运动(例如，3D NIFTI MRI图像)。

运动可以是全局刚体运动，也可以是弹性变形或基于B样条的局部变形。输入将是3D图像，输出将是包含所需运动的新生成的数据。

我想知道是否有任何软件包或软件可以做到这一点，但没有找到任何。使用这种类型的特征，我们可以验证我们的配准方法或模拟不同的变形模型。

我需要一些帮助来生成这样的人工数据使用python或matlab的NIFTI/DICOM 3D图像。

Answer 1

在Python中，有几个选项。第一种是使用用于I/O的pydicom模块以及numpy来表示/处理各层。为了使用它，您可能还需要使用matplotlib、scipy/scikit-image或Pillow来可视化输入和生成的输出。

但是也有VTK，它带有Python接口和DICOM读写器。使用vtkpython将允许您创建一个相当简单的应用程序来查看数据并与之交互。对于生成动作层，我认为numpy可能仍然是此路线的最佳选择。

这个页面很好地介绍了这两种方法的使用：https://pyscience.wordpress.com/2014/09/08/dicom-in-python-importing-medical-image-data-into-numpy-with-pydicom-and-vtk/